文档介绍：复旦大学
博士学位论文
结合基因组调控信息的基因芯片数据综合分析
姓名:孙如平
申请学位级别:博士
专业:遗传学
指导教师:毛裕民
20071020
摘要基因芯片按探针类型可以分为��芯片和寡核苷酸芯片两种,按照样本采集不同则可分为静态与动态芯片两种。静态基因芯片针对固定的生物状态进行检测或在两种相对稳定生物表象下进行差异表达分析:而动态芯片,即俗称的时间序列基因芯片,则关注生物反应过程的基因表达动态变化特征。多种统计学方法已被用来分析类型各异的基因芯片数据。然而单方的基因芯片实验总是会受到样本量有限,重复次数少的限制,使得分析结果说服力不强。利用规范化的网络基因芯片数据库,在吸纳了医学研究中的合并分析思想后,我们对多套不同实验室来源、但拥有相同生物背景的基因芯片数据进行了综合分析。���的合并显著性效应量公式以及非参数的������煅楣岽┰谖�们的整个分析过程中。在静态芯片综合分析方面,我们合并了三套�����煅榉ǖ贸龅ヌ资笛橹衜��过��Q楦秤杳扛鰉��合并显著性�怠6��套时间点个数不多且缺乏重复的酵母热休克动态基因芯片数据,我们考虑了各时间点之间的关联性,采用直观的面积法进行差异表达强度统计。针对这类数据库中广泛存在的,质量不要经过细致的数据筛选和实践合理的统计模型,多方的芯片数据合并分析能够起到类似于增大样本量,增多重复次数的效果。单靠芯片数据结果来解释生物现象是远远不够的,我们结合基因组调控信息白水平数据,我们找出一定的规律并推测了����在癌症中发挥作用的模型:在酵母的热休克动态芯片分析中,利用聚类分析以及调控元件分析,我们发现了其热休克中主要的两条启动通路的时序调控特性。海量的实验数据堆积,是机遇也是挑战。我们希望,本论文中建立的结合基关键词:静态基因芯片、时间序列芯片、综合分析、����、前列腺癌、热休克、调控元件在前列腺癌中的表达谱:首先用������的差异表达显著性,随后在多套数据合并时也引入了�����的思想,最后经高的时间点芯片数据,本论文中还建立了一整套综合分析的策略。结果表明,只数据,对上述的芯片合并分析结果给予了细致的生物学功能研究。在前列腺癌����表达谱的分析中,结合其抑制的靶基因在前列腺癌中的转录水平及蛋因组调控信息的合并分析策略能够对多方数据的再利用起到帮助,并挖掘出深层的、有价值的生物信息。结合基因组调控信息的基因芯片数据综合分析������
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第一章前言第一节基因芯片数据分析概述‘”���.�⒒�蛐酒�蚪�创造性的应用碱基配对原理为分子生物学研究注入了新的活力,基因芯片技术便是其最独特的产物之一。借用了电子微处理器的集成化特性,基因芯片将多个核酸等探针密集固定排列在固相载体�杵��F��郾�┗蚰崃�さ�上以形成微型的检测器件。待测样本标记后与芯片杂交,标记分子即与配对探针特异子的存在状态。以上所述芯片又名微阵列������,根据探针的不同可分为��微阵列和寡核苷酸微阵列。微阵列技术与生物微机电技术的结合,又产生了微流体芯片和“芯片实验室�����薄Mü�⒌缱蛹际蹩稍诠烫寤�片上构建微型的生物分析系统,即厘米见方的固体薄型器件,以实现对核酸或其他生物分子的准确、快速、大信息量的检测。芯片上可固定的探针数量惊人,一次实验即可检测样本中几千条以上的序列,具有高通量的特点;基因芯片的体积小,重量轻,便于携带,无污染;另外芯片实验也可以将许多独立的反应过程集半个世纪以来的生物技术发展是基因芯片技术的奠基石。一些伟大的核酸技术进步,包括��逋饩酆希�刈镈�技术,聚合酶链反应����乇�是��咏患际醵曰�蛐酒�牡��隽斯丶�缘钠痰妗;�蛐酒���牧礁霰�年斯坦福大学用直接点样法制备的第一块微阵列��芯片。美国�匆���公司在�世纪�年代末至�年代初征集了许多计算机科学、数学和分子生物学专家率先开展了寡核苷酸高密度空间合成、照相平板印刷和激光共聚扫描技术相平板技术,在一平方厘米的玻片上原位合成寡核苷酸片断,得到世界上首张寡核苷酸基因芯片,并且很快就用于��蛄蟹治鲋小���晁固垢4笱У��.���笛槭曳⒄