文档介绍：positionofmicrobiomeofCycaspanzhihuaensis生态位分化塑造了苏铁微生物群的多样性和组成作者:YingZheng,XunGong期刊:Microbiome时间::、研究背景植物相关微生物被称为植物的第二基因组,而植物跟相关的微生物在植物营养吸收、发育和免疫中均能发挥重要作用,从而成为研究热点。而在这些互相作用的关系中,共生是使双方都受益的方式,如微生物为宿主提供各种必须营养物质,促进植物生长并提高对环境的适应性,而植物可为微生物提供稳定的生存环境。植物的不同部分所包含的微生物群落组成会大不相同,而大部分微生物被认为来源于土壤,推测迁移途径是土壤微生物迁移到根际后侵染宿主的根部,逐渐在内部游移并定殖,此为水平迁移;而另一种迁移方式为微生物在宿主体内继续游移到种子或花粉来传播到下一代,此为垂直迁移。苏铁是雌雄异株的裸子植物,主要通过虫媒授粉,可在干旱和缺乏营养的环境生长。目前已有关于苏铁根系微生物多样化的研究,但是关于苏铁内生微生物的起源和迁移方式仍未知。二、实验设计1、来自昆明植物园栽培的苏铁,取花粉、胚珠、种子、未受精种子、根与根际土壤。2、来自攀枝花国家自然保护区的野生苏铁,取种子、根与根际土壤。三、-V5区域进行扩增子测序,共得到1816516条Rawreads,经过质控后共得到1156635条Cleanreads,其中1036034条Cleanreads注释为细菌序列,其余的推测为古菌、叶绿体或线粒体序列。对ITS1区域进行扩增子测序共得到1984142条Rawreads,经过质控和注释后得到806432条真菌Cleanreads。利用细菌的Greengenes数据库和真菌的UNITE数据库进行注释,分别获得13907个细菌OTUs和3320个真菌OTUs。在16SrRNA基因的分析结果发现在土壤中检测到的细菌OTU数量是最多而胚珠中的细菌OTU数量最少,真菌的分析结果表示在胚珠中的真菌OTU反而是最多的,在根中检测到的真菌OTU最少。。针对细菌的数据,通过稀释曲线可见土壤样本中的微生物多样性远高于其他样本,Simpson多样性指数分析也表明土壤的细菌多样性明显高于其他样本,而真菌数据的稀释曲线和Simpson多样性指数均显示样本之间的多样性相差较小,堆叠图分析也同步印证此结论(图1)。针对细菌的数据,基于Bray-Curtis在各个分类层级进行主成分分析(PCA)发现土壤样本与其它样本无法聚集,侧面说明土壤的微生物群落结构与其他样本相差较大,而种子样本与根样本的群落结构与其它样本也有一定的变化。组间Adonis检验结果表示无论是在OTU水平还是在科水平,土壤和根部的细菌样本均与其余四种样本之间存在明显差异,而胚珠与花粉之间也检测到显著变化。,来自攀枝花的样本共鉴定出18个细菌科和9个真菌科,各科的相对丰度在各样本中有明显区别。在昆明的种子样本的优势家族是柄杆菌科,其次是肠杆菌科;而伯克氏菌科在攀