文档介绍:序列分析软件DNAMAN的使用方法简介
DNAMA“是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍 使用的DNA序列分析工具。本文以bNAMA” 529 Demo version为例,简单介绍其使用方 法。
打开bNAMA”,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:
第三栏为浏览器栏:
在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel I具条,t)NAMA|提供20个Channel,(如左 所示:)点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的乍hannel。每个Channel可以装 入一个序列。将要分析的序列(DNA序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序 列时间,加快分析速度。此版本■ama|提供自动载入功能,用户只需激活某个 然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
本文以具体使用»NAMaN的过程为例来说明如何使用t)NAMAr|分析序列。
将待分析序列装入Channel
(1 ) Sil File Open命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认(初 始为channell)可以通过激活不同的channel (例如:channel5)来改变序列装入的Channel0
(2 )通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel o 通过 Sequence/Cuirent Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此 对话框可以设定序列的性质(DNA或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
以不同形式显示序列
通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框,如下图所示:根据不同的需要,可以选 择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:Sequence &Composition显示序列和成 分
Reverse Complement Sequence显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence显示待分析序列的对应RNA序列
DNA序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channe|,点击要分析的Channel,然后通过Rcstriction/Analysis命令打 开对
话框,如下所示:
参数说明如下:
Results分析结果显示
其中包括:
Show summary (显示概要)Show sites on sequence (在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map (显示限制性酶切图)Draw restriction pattern (显示限制性酶切模式图) Ignore enzymes with more than (忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than (忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标 DNA特性)
circular (环型 DNA ),