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基于嗜耐盐菌基因组分析与深海宏基因组文库的酯酶研究.pdf

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基于嗜耐盐菌基因组分析与深海宏基因组文库的酯酶研究.pdf

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文档介绍:⑧论文作者签名:垒垦煎指导教师签论文评阅人1:(姓名∑塑签]皇僮)评阅人2:评阅人3:评阅人4:评阅人5:答辩委员会主席:周渔茎塾援渲垡盔堂委员1:蚕宣监塾拯复旦太堂委员2:垡匦进麴援逝江太堂委员3:垩迭主塾援逝江太堂委员4:壑主垡塾拯逝江太堂委员5:昱筮麴握逝江太堂Author’Ssignature:Nupervlsor。Ss堰natureExternalReviewers:(姓刍]塑整3望僮;工回)mitteeChairperson:mitteeMembers:Qi鱼QShQ堕Yi』£坠di皿堕niy曼£s丑YH丛a迎自i型Zh自i堑g堕niy曼堡i或Y塑Qing建ng』Zh自i坌卫g堕西Y堡rsi啦Zh亟Q]血h堕型Zh自iang堕niY星£墨i啦盟坠丛i型Zh自i堑g型niY曼坠醯Dateoforaldefence:』坠n:垒,2Q3独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得逝望盘堂或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示谢意。、使用学位论文的规定,有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘,允许论文被查阅和借阅。本人授权堂婆太堂可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索,可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名:勿震获导师签签字日期:肋I弓年6月/8日签字日期:年月日致谢时光如水,承载着生命永不停歇的前行,五年的光阴就这样流逝。感谢父母一直以来无微不至的照顾和关心,有你们在抱怨时的倾听,在困难中的支持,在迷茫期的开导,才使得我勇敢的走到了今天。家,永远是我心灵最温暖的港湾。感谢恩师吴敏教授,在五年的学习和科研中对我的指导和帮助。您的“快乐生活,快乐学习”的快乐法则深深地影响了我和实验室的所有人,有了融洽的实验室气氛,五年的科研生活也充满快乐。正是您一直以来的鼓励与支持,才有我这五年的成长与收获,在此请允许我对您致以最崇高的敬意。感谢朱旭芬副教授,您是亲切和蔼的师长,感谢您五年来在实验和生活中的指导,让我不断认识自己找寻方向。感谢朱宝利教授(中国科学院微生物研究所)及其实验室成员,特别是胡永飞博士,在宏基因组文库构建方面给予的指导和帮助,时常回忆起那个2009年的初冬,温暖的实验室,熟悉的仪器,微笑的面孔,和窗外静静飘着的雪。感谢魏东芝教授(华东理工大学)及其实验室成员,特别是姚志强博士研究生在蛋白质同源建模方面给予的意见和帮助,从2011年的秋天开始与软件战斗到了冬天。感谢华大基因研究院云计算平台的所有工作人员,特别是王爽和韩细芳在微生物基因组分析中给予的指导和帮助。不会忘记2012年的夏天,烈日炎炎的深圳,遇见的人,和发生的事。感谢实验室的各位兄弟姐妹们,五年的时间,人来人往,这里有我尊敬的师兄师姐,许学伟师兄、张心齐师姐、吴月红师姐、孟凡旭师兄、曹轶师兄、霍颖异师姐、廖丽师姐和王钰师姐,感谢你们对我科研和生活中的指导,无论是欢笑还是泪水,都是我生命中宝贵的财富。这里有我可爱的师弟师妹,程虹、张文武、张为艳、潘杰、孙聪、刘津津、贾延宇和张珍丽,你们的青春活力时时感染着我。感谢实验室未能一一提及的兄弟姐妹们,有了你们这个大家庭才完整。感谢我的同窗好友郑刚、杨晓宸、陈亚敏、李静馨、杨雯、李灵和张文静,我们一同踏进这个校园,一齐分享生活中的酸甜苦辣,虽然大家各奔东西,但是我们的友谊长存。感谢所有关心和支持我的人。同时向参加论文评阅、评议和答辩委员会的教授、专家们致以诚挚的谢意!江夏薇2013年5月于紫金港浙江大学博士学垡鲨茎.——j坚摘要微生物分布广泛,种类繁多,特征各异,蕴藏丰富的基因资源。极端微生物以其独特的生存环境和适应特性引起人们的广泛关注。本论文对太平洋深海海山和高海拔盐湖两个极端环境,通过分别采用宏基因组学和全基因组学的研究方法,从非培养和可培养的角度对极端环境微生物以及他们的功能基因和基因组展开分析,并对宏基因组和全基因组来源的酯酶进行了筛选、克隆、异源表达和酶学性质研究,积累了丰富的酯酶基因资源。首先,采用太平洋海山区水深5,886m的深海沉积物样品,构建一个fosmid宏基因组文库。该宏基因组文库包括约200,000个克隆,平均插入片段为36kb,整个宏基因组文库包含太平洋海山区深海沉积物中微生物约7,200Mb的基因组DNA,是一个巨大的微生物基因资源宝库。其次,采用基因组测序和分析的方法对一株分离自