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哺乳动物DNA主动去甲基化调节因子的筛选和功能鉴定的中期报告.docx

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哺乳动物DNA主动去甲基化调节因子的筛选和功能鉴定的中期报告.docx

上传人:niuwk 2024/4/12 文件大小:10 KB

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文档介绍:该【哺乳动物DNA主动去甲基化调节因子的筛选和功能鉴定的中期报告 】是由【niuwk】上传分享,文档一共【2】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【哺乳动物DNA主动去甲基化调节因子的筛选和功能鉴定的中期报告 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。哺乳动物DNA主动去***化调节因子的筛选和功能鉴定的中期报告本项目旨在通过筛选哺乳动物中去***化调节因子(DMRs)来探究其作用机理,实现DNA***化修饰与基因表达的调控。本次中期报告重点介绍了目前为止的实验设计、实验方法和初步结果。实验设计::选择人类、小鼠、大鼠、猫、犬、猪、牛等共7种哺乳动物的全基因组DNA测序数据。:利用两种软件包DMRseq和methylKit来进行DMRs的筛选,同时结合基因表达谱数据,筛选出与基因表达相关的DMRs。:利用基因富集分析软件Metascape和GSEA来进行DMRs在基因功能和网络调控方面的功能鉴定。实验方法::利用TrimGalore软件对原始测序数据进行去除低质量数据、过滤接头、剪切5'或3'端等预处理。2.***化水平分析:利用Bismark软件将预处理后的测序数据比对至参考基因组,并利用Bismarkmethylationextractor获取***化位点信息和其***化水平。:利用DMRseq包和methylKit包分别对***化水平数据进行DMRs的筛选和分析。:利用RNAseq进行基因表达分析,并结合DMRs数据分析其关联性。:利用Metascape和GSEA软件进行DMRs的功能鉴定和网络调控分析。初步结果::根据DMRseq和methylKit分析得到了7种哺乳动物的DMRs数据集,共计约150,000个DMRs。:与DMRs相关联的基因表达谱进行了分析,初步结果显示DMRs和基因表达量之间的相关性较强。:对DMRs进行了Metascape和GSEA的功能鉴定和网络调控分析,初步结果表明DMRs在基因功能和信号通路调节方面具有重要作用。结论:本项目通过对7种哺乳动物的DMRs进行了筛选和功能鉴定,初步结果显示DMRs在基因调控方面具有重要作用。进一步深入研究将有助于解析DNA***化修饰与基因表达调节之间的机制。