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文档介绍:该【基因表达数据库 】是由【业精于勤】上传分享,文档一共【16】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【基因表达数据库 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。GEO:基因表达数据库 (GeneExpressionOmnibus)*基因表达数据库*(GeneExpressionOmnibus)基因表达数据库,是由美国生物技术信息中心(NCBI)在2000年开发的一个开放的基因表达丰度的数据库,该数据库不仅包括许多基于基因芯片的基因表达数据信息,同时还包括一些非芯片技术如SAGE和质谱的基因表达丰度信息。至2014年1月,该数据库已经收录了12422个不同平台(Platform)上的*基因表达数据库*1062513个样品(Sample)的基因表达数据信息。数据提交遵循MIAME原则,并提供了供查询和下载实验及基因表达资料的工具。登陆网址为:.gov/geo/。*基因表达数据库*,即平台(platform)、样本(sample)和系列(series)。平台,关于以高通量方式(microarray,SAGE)检查样本的物理试剂的信息。一个平台含有多个提交者提交的样本。平台的命名规则为“GPL+n(n代表数字)”。样本,关于被检查的mRNA样本,实验条件和实验产生的基因表达测量数据信息。一个样本必须涉及一个平台,可能会包括在许多系列之中。样本的命名规则为:“GSM+n”。*基因表达数据库*系列,样本收集,样本是如何相关的,如何排序的,分析是如何进行的,和聚类数据是如何获得的信息。系列含有数据的摘要信息。系列的命名规则为“GSE+n”。GEO的原始数据被放置在平台,样本和系列这三个数据库中;根据原始数据观测角度的不同,又将这些数据整理并分置两个不同的数据库中:数据集(datasets)和表达图谱(profile);数据集以“实验”的角度存储了所有的元数据,表达图谱从“基因”的角度存储了单个基因表达的数据资料。*基因表达数据库*,注册信息中的联系方法会体现在GEO记录中。数据上传可以使用几种不同的格式,如电子表格、纯文本和XML格式。不管采用哪种上传方式,最终的结果及包含的信息都相同。*基因表达数据库*所有的GEO信息可以利用不同的工具下载不同格式的数据:①查询到的每一条记录下均有下载连接,,通过WinZipor7-Zip即可打开;②所有的GEO记录和原始数据文件都可以通过FTP(ftp:///)进行大批量下载;③通过查询页面的“sendto→file”下载。*基因表达数据库*,如以数据集“GDS3176”,平台“GPL339”,系列“GSE9567”,样本GSM241927”进行检索。如果已知序列号,可以直接采用这种方式搜索;否则,可以用关键词、物种甚至作者姓名进行搜索。同时,可通过Limits和AdvancedSearch对搜索结果进行筛选。GEO数据集的搜索结果以“实验”角度列示,内容包括名称、简述、物种、平台、提交者联系方式、系列、样本个数、数值类型和发表时间等,*基因表达数据库*同时提供向NCBI的其他数据库的链接,如PubMed,Epigenomics、SRA和GEOProfiles等。GEO表达图谱(profiles)的搜索结果以“基因”角度列示,用图片的形式展现一个基因对所有样本的表达水平,搜索结果中的实验条件方便我们观察一个基因在不同条件下表达水平的差异。搜索结果可利用“myNCBI→collection”进行在线保存。*基因表达数据库**基因表达数据库*