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分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响,序列中的空位的引入不代表真正的进化事件,所以要其进行对罚分,空位罚分的多少直接影响对比的结果。:衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列〔query〕相匹配的随机或无关序列的概率,E值越接近零,越不可能找到其他匹配序列,E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小,也即相似性越能反映真实的生物学意义。:BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域,如poly〔A〕。〔dotmatrix〕:构建一个二维矩阵,其X轴是一条序列,Y轴是另一个序列,然后在2个序列相同碱基的对应位置〔x,y〕加点,如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线,如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线;如果完全没有相似性则不能连成直线。:通过序列的相似性检索得到许多相似性序列,将这些序列做一个总体的比,以对观察它们在结构上的异同,来回答大量的生物学问题。:认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说,从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。:通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比或其对他性状,可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。:指在进化树上任何一个分支节点,一个父分支都只能被分成两个子分支。系统发育图:用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图,是引入时间概念的支序图。:指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列,具有相似或不同的功能。〔书:在缺乏任何基因复制证据的情况下,具有共同祖先和相同功能的同源基因。〕〔并系〕同源:指同一个物种中具有共同祖先,通过基因重复产生的一组基因,这些基因在功能上可能发生了改变。(书:由于基因重复事件产生的相似序列。):是进化树中处于一组被分析物种之外的,具有相近亲缘关系的物种。:.〔UPGMA〕:最初,每个序列归为一类,然后找到距离最近的两类将其归为一类,定义为一个节点,重复这个过程,直到所有的聚类被加入,最终产生树根。〔neighbor-joiningmethod〕:是一种不仅仅计算两两比对距离,还对整个树的长度进行最小化,从而对树的拓扑结构进行限制,能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。〔MP〕:在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。〔ML〕:它对每个可能的进化位点分配一个概率,然后综合所有位点,找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估,在并此基础上构建系统发育树。〔consensustree〕:在同一算法中产生多个最优树,合并这些最优树得到的树即一致树。〔Bootstrap〕:放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。〔ORF〕:开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列。〔codonbias〕:氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功tRNA的水平相一致,大多数高效表达的基因仅使用那些含量高的同功tRNA所对应的密码子,这种效应称为密码子偏好性。:依据综合利用基因的特征,如剪接位点,内含子与外显子边界,调控区,预测基因组序列中包含的基因。〔domain〕:保守的结构单元,包含独特的二级结构组合和疏水内核,可能单独存在,也可能与其他结构域组合。相同功能的同源结构域具有序列的相似性。:进化上相关,功能可能不同的一类蛋白质。〔motif〕:短的保守的多肽段,含有相同模体的蛋白质不一定是同源的,一般10-20个残基。〔profile〕:是一种特殊位点或模体序列,在多序列比较的基础上,氨基酸的权值和空位罚分的表格。:PAM指可接受突变百分率。一个氨基酸在进化中变成另一种氨基酸的可能性,通过这种可能性可以鉴定蛋白质之间的相似性,产生并蛋白质之间的比对。一个PAM单位是蛋白质序列平均发生1%的替代量需要的进化时间。:模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进化距离。例如,在BLOSUM62矩阵中,比对的分值来自不超过62%一致率的一组序列。-BLAST:位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对,通过调节序列打分矩阵〔scoringmatrix〕探测远缘相关的蛋白。:给出了对应于基因和蛋白质的索引,对应于最稳定、最被人承认的Genbank序列。:单一的节点能指派为共同的祖先,从祖先节点只有唯一的路径历经进化到达其他任何节点。:只表明节点间的关系,无进化发生方向的信息,通过引入外群或外部参考物种,可以在无根树中指派根节点。〔molecularevolutionarytree〕在研究生物进化和系统分类中,常用一种类似树状分支的图形来概.〔类〕生物之间的亲缘关系,这种树状分支的图形成为系统发育树(ictree)。.