文档介绍：核苷酸序列分析
2007年12月
基因组序列cDNA序列
编码区预测
Codon bias
GC Content
限制性酶切位点
基因结构分析
选择性剪切
转录调控因子
序列比对
功能注释
KEGG
GO
系统发育树
蛋白质序列
翻译
蛋白质理化性质
二级结构预测
结构域分析
重要信号位点分析
三级结构预测
核苷酸序列分析
基因预测
开放读码框
GENSCAN
GenomeScan
GLIMMER
基因结构分析
内含子/外显子剪切位点
NetGene2
Spidey
选择性剪切
ProSplicer
Spidey
转录调控序列分析
启动子/转录起始位点
EPD
Cister
CpG岛
CpGPlot
转录终止信号
Hcpolya
序列组分分析
GC含量
genskew
限制性核酸内切酶位点
NEBcutter
密码子偏好性使用
CodonW
基因预测
——开放读码框的识别
开放读码框的识别
开放读码框(open reading frame, ORF)
是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列
ORF 是潜在的蛋白质编码区
基因开放阅读框/基因结构分析识别工具
Getorf
EMBOSS
通用
Plotorf
EMBOSS
通用
ORF Finder
.gov/gorf/
NCBI
通用
BestORF
.htm
Softberry
真核
GENSCAN
MIT
脊椎、拟南芥、玉米
Gene Finder
http://rulai./tools/genefinder/
Zhang lab
人、小鼠、拟南芥、酵母
FGENESH
.htm
Softberry
真核
GeneMark
/
GIT
原核
GLIMMER
.gov/genomes/MICROBES/
/software/glimmer
Maryland
原核
FgeneSB
.htm
Softberry
细菌
FgeneSV
.htm
Softberry
病毒
Generation
/
ORNL
原核
FGENESH+
.htm
Softberry
原核
GenomeScan
MIT
脊椎、拟南芥、玉米
GeneWise
/Wise2/
EBI
人、蠕虫
GRAIL
/
ORNL
人、小鼠、拟南芥、果蝇
7
ORF识别:GENSCAN
结果返回到邮箱(可选)
提交序列
上传序列文件
运行GENSCAN
选择物种
显示氨基酸或CDS序列
序列名称(可选)
是否显示非最优外显子
GENSCAN输出结果:文本
基因、外显子及类型
预测单元起始、终止及长度
相位
编码区打分值
可信概率、得分值
正链、负链
GENSCAN输出结果:图形
exon1
exon5
exon4
exon3
exon2
10
提交待分析序列
提交同源蛋白质序列
ORF识别: GenomeScan
运行GenomeScan