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第一节 有关预备知识
第五节 多性状的BLUP育种值估计
第二节 BLUP的基本原理
第三节 BLUP育种值估计模型
第四节 单性状的BLUP育种值估计
第六节 BLUP育种值的准确性与重复率
第七节 BLUP育种值估计软件
预备知识
BLUP的基本原理
估计模型
单性状BLUP育种估计
多性状育种值估计
BLUP育种值准确性与重复率
估计软件
分块矩阵、逆矩阵、广义逆矩阵
随机向量、期望向量、方差-协方差矩阵和正态分布
模型:真实模型、理想模型、操作模型
线性模型:固定效应模型、随机效应模型、混合模型
基本理论、混合模型方程组、BLUP由来
估计软件:PEST、PIGBLUP、GBS、NETPIG、
B
L
U
P
育
种
值
估
计
动物模型
公畜模型
公畜-母畜模型
外祖父模型
个体间加性遗传相关矩阵A与A¯¹的计算
计算个体育种值
第一节 有关预备知识
一、分块矩阵,逆矩阵和广义逆矩阵
分块矩阵 用水平和垂直虚线将矩阵分为若干小块,此时的矩阵陈伟分块阵,其中的小块称为子阵。
逆矩阵 对于一方阵A,若存在另一矩阵B,使得BA=I,则 称B为A的逆矩阵。
广义逆矩阵 对于任一矩阵A,若有矩阵G,满足AGA=A,则称G为A的广义逆,记为A¯。
第一节 有关预备知识
三、线性模型
模型 是描述观察值与影响观察值变异性的各因子之间的关系的教学方程式。
分类:真实模型——非常准确地模拟观察值的变异性,模 型中不含有未知成分
理想模型——根据研究者所掌握的专业知识建立的尽可能接近真实模型的模型
操作模型——用于实际统计分析的模型,它通常是理想模型的简化形式
第一节 有关预备知识
线性模型 :线性模型是指在模型中所包含的各个因子是以相加的形式影响观察值,即它们与观察值的关系为线性关系,但对于连续性的协变量也允许出现平方或立方项。
线性模型的组成:
1、 数学方程式
2、方程式中随机变量的期望和方差及协方差
3、假设、约束和限制条件
分类
1
固定效应模型 如一个模型中除了随机误差外,其余所有的效应均为固定效应,则称此模型为固定效应模型或固定模型。
2
随机效应模型 若模型中除了总平均数μ外,其余的所有效应均为随机效应则称此模型为随机效应模型或随机模型。
3
混合模型 若模型中除了总平均数μ和随机误差之外,既含有固定效应,也含有随机效应,则称之为混合模型。
第二节 BLUP的基本原理
一般混合模型可表示为:
y=Xb+Zu+e
y 是所有观察值构成的向量
b 是所有固定效应(包括μ)构成的向量
X 是固定效应的关联矩阵
u 是所有随机效应构成的向量
Z 是随机效应的关联矩阵
e 是随机残差向量
第二节 BLUP的基本原理
随机变量的数学期望:
方差-协方差矩阵结构:
第二节 BLUP的基本原理
BLUP 的统计特性
可估函数:K'b+M'u
预测函数:L'y
预测误差:K'b+M'u-L'y
BLUP分析的实质是利用观察值的一个线性函数(L'y)对固定效应和随机效应的任意线性可估函数(K'b+M'u)进行估计和预测,要求同时满足预测的无偏性和预测误差方差最小(最佳)两个条件,由此得到 的最佳线性无偏估计值(BLUE), 的最佳线性无偏预测值(BLUP)。
BLUP 估计一般方程
BLUP法前提条件
所用的表型信息必须真实可靠,系谱资料必须正确完整
所用的模型是真实模型;
模型中的随机效应的方差组分或方差组分的比值已知