文档介绍：南海斑点马鲛群体遗传多样性研究论文
摘要: 本研究采用PCR技术对采自广州附近海域的斑点马鲛,19个个体的线粒体DNAD-loop基因进行扩增和分析,结果表明,该斑点马鲛群体的遗传多样性较为丰富,19个个体通过聚类形成2大分支,表明该群体可能来源于2个不同的母系祖先。
关键词:遗传多样性; 斑点马鲛; 线粒体DNA
作者简介:叶浩武(1990-),从事海洋渔业科学与技术研究工作。
收稿日期:2012-04-15
斑点马鲛属鲭科马鲛属,,被广泛应用于鱼类种群遗传学研究。本研究利用相应的引物对分布于南海的斑点马鲛的控制区部分序列进行了PCR 扩增和序列测定,分析该斑点马鲛群体的遗传多样性,以期为制定合理的斑点马鲛资源增殖和保护措施提供科学依据。
1 材料和方法
,冷冻或新鲜样品运回实验室,%酒精中。
实验方法按传统法(酚/***仿抽提法)从肌肉中提取基因组DNA,将提取DNA溶解于超纯水中,置4 C保存。用于扩增控制区的扩增引物为:DL-:5’-GGCATG-3’。PCR反应体积为25 L,其中包括50 mmol/L KCl,10 mmol/L Tris-HCl,,MgCl2 mmol/L,dNTP 200 mol/L,Ex units, mmol/L,模板DNA 1 L,加灭菌蒸馏水至25 L。PCR反应在Eppendorf Mastercycler 5333扩增仪上进行。PCR反应条件为:94℃预变性3 min,然后进行40个循环,每个循环包括94℃45s,50℃45s,72℃ 1 min,最后72℃延伸10 min。以上反应均用阴性对照来检查是否有DNA污染。 %琼脂糖凝胶电泳检测。用小量胶回收试剂盒(上海华舜生物工程有限公司)进行PCR产物回收和纯化,回收产物由上海桑尼生物科技有限公司经ABI公司3730 型全自动序列分析仪进行测序。
数据分析用DNASTAR软件进行排序,并结合人工校正。通过MEGA(molecular evolutionary geics analysis,.freelar 等,1993)软件统计所测序列的碱基组成,并计算出不同个体间的遗传距离,并构建NJ系统树。用DNASP(DNA Sequences Polymorphism)软件进行单倍型多样度(HD)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异数(K)等遗传多样性参数的计算。
2 结果
目的片段的PCR扩增及序列测定本实验共测定了斑点马鲛的19个个体的mtDNA D-loop基因片段,其碱基序列为514bp,A、T、C、G %(%-%)、%(%-%)、%(%-%)、%(%-%),AT含量(%)高于GC含量(%),其碱基的平均含量与蓝点马鲛比较相似。斑点马鲛mtDNA-loop基因的AT含量(%)与蓝点马鲛(%)、太平洋鲭鱼D-loop基因的AT含量(%)非常接