文档介绍：第六节结构域、三级结构与球状蛋白质
在二级结构及超二级结构的基础上,多肽链进一步卷曲折叠,组装成几个相对独立的、近似球形的三维实体。
一、 结构域 domain,motif(模块)
结构域是球状蛋白的折叠单位
较小的蛋白质分子或亚基往往是单结构域的。
结构域一般有100-200氨基酸残基。
结构域之间常常有一段柔性的肽段相连,形成所谓的铰链区,使结构域之间可以发生相对移动。
结构域承担一定的生物学功能,几个结构域协同作用,可体现出蛋白质的总体功能。
例:脱氢酶类的多肽主链有两个结构域,一个为NAD+结合结构域,一个是起催化作用的结构域,两者组合成脱氢酶的脱氢功能区。
结构域间的裂缝,常是酶的活性部位,也是反应物的出入口
★EF手:钙结合蛋白中,含有Helix-Loop-Lelix结构
★锌指:DNA结合蛋白中,2个His、2个Cys结合一个Zn。
★亮氨酸拉链:DNA结合蛋白中,由亮氨酸倒链形成的拉链式结构,
二、三级结构
●整个多肽链在二级结构、超二级结构和结构域的基础上盘旋、折叠,形成的特定的整个空间结构。
●三级结构是多肽链中所有原子的空间排布。
大的球形蛋白(200氨基酸以上),常常含有几个结构域。
1、三级结构的特点
许多在一级结构上相差很远的氨基酸碱基在三级结构上相距很近。
球形蛋白的三级结构很密实,大部分的水分子从球形蛋白的核心中被排出,这使得极性基团间以及非极性基团间的相互用成为可能。
主要的是二硫键,二硫键不指导多肽链的折叠,三级结构形成后,二硫键可稳定此构象。
2、维持三级结构的作用力
氢键
范德华力
分子间及基团间作用力
定向效应: 极性基团间
诱导效应: 极性与非极性基团间
分散效应: 非极性基团间
疏水相互作用
离子键
盐键
共价健