文档介绍：第九章
核酸序列的其他分析方法
生物信息学
1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成
分子量(molecular weight)
单链DNA(single strand DNA,ssDNA)
双链DNA(double strand DNA,dsDNA)
position)
各种碱基数量
各种碱基比例
分析举例
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析
拷贝fasta格式的序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列
选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→position”
文字分析结果和图形结果
2. 序列变换
ACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCAC
原始DNA序列
AGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTG
互补序列
(complement)
GGTAAAAA
反向序列
(reverse)
ATTTTT
反向互补序列
(plement)
ACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCAC
RNA序列
DNA-DNA序列之间变换
DNA-RNA序列之间变换
分析举例
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析
拷贝fasta格式的序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列
选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic plement”获得互补序列、“Nucleic Acid→plement”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获得RNA序列
在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件
DNA-蛋白质序列之间变换
ACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG
K N G H G S T R S E M N A R S H E
阅读框 1
K M A M G P H A V R * M L D L T R
阅读框 2
K W P W V H T Q * D E C * I S R
阅读框 3
.gov/projects/gorf/
确定开放读码框(ORF)
ORF finder
输入序列或注册号,选择密码表
显示结果,进行选择
翻译为蛋白质
序列比对、更改显示格式
分析方法-翻译全长DNA序列(举例1)
在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析
拷贝fasta格式的序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”输入序列
选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列
分析结果
分析方法-翻译选择的DNA序列区段(举例2)
在SRS检索主页()点击“Tools”
在Tools网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →ShowseqN”,点击“Launch”
在ShowseqN网页粘贴序列,选择阅读框和密码表类型,确定翻译区域
分析结果
3. 分析限制性内切酶切割位点
展示DNA序列的酶切位点图
分离克隆基因或特定的DN***段
分子标记,如CAPS(cleaved amplified polymorphism sequence)标记
可选择限制性内切酶
Restriction Map and MCS of pEGFP-N1 Vector