文档介绍：本文结构:
0. 写在最开始的话
1. 首先确定lammps是不是适合你
2. 下载和编译
3. 如何使用lammps进行计算
4. (20/JUL/07)的阅读建议
5. Comannds 的简单讲解
6. 解决问题的途径
7. 写在最后面的话
温馨提示:
(1)点击标题可直接到相关的“章节”。
(2)为避免混淆,上面的各“章”,在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指;而文中其它地方出现的“章节”是指lammps手册中的章节。
(3)文中跟某些名词相关的网页已加注超链接,直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息。
 
0. 写在最开始的话
从2007年5月初开始接触和学****lammps,时至今日,依然对lammps存有很多疑惑。如同一个刚入门的工匠面对着一台功能强大的复杂机器,不知所措。虽然还有好多好多的东西要学****但是也已经了解了一些最最基本的东西了。我可以去帮助那些刚刚入门的人,正如我刚刚开始学****lammps时诸位热心网友对我的帮助。现在,我写一写自己知道的东西,希望对lammps的新手有所帮助,不当之处,真诚地希望各位读者多多指正。
我写的这点儿东西,使用者仅限于使用lammps的新手,而且里面只讲到了ubuntu下编译lammps的单机版,没有涉及并行版的编译。我希望这个“指南”会帮他们更快地了解和学****lammps。如果你已经在使用lammps了,我觉得这个“指南”是不会对你有什么帮助的。不过,对于高手来说,如果你有时间,我还是希望你能看完这篇,因为我接触lammps和MD的时间都不长,我怕我的某些错误会误导新手。所以,希望大家一起努力,完善这个指南。
另外,我只把这篇文章放在这个由学校提供的个人网页空间。之前QQ空间的那篇文章,因为对其内容改动较大,故我已将其删除。我并不反对转载,(先自我陶醉一下下,可是会有吗?呵呵)但是转载之前,请注意:
(1)文章中的一些表述我尚不肯定正确与否。所以转载之前,请你负责任地认真读完这篇文章并确认你是否认可我的表述。如果发现错误,请及时联系我,谢谢先了。
(2)我知道有些论坛的用户可以设置回复或者付出金币or积分等才能查看某些帖子,我坚决反对这篇文章被这么做。
(3)本文没有所谓的版权,完全是分享性质的。转载的时候,没有必要著上是我写的,可是我不希望有一天看到这篇指南成了另外的一个名字的原创。如果你发现文中的错误并做了修改(最好也通知我),那样我们可以算是这篇文章的共同作者。
(4)严禁本文被用作其它用途。
我还要再次重申,我不想写成像教科书一样的东西。我写这篇指南的意图也绝对不是“哦,你是lammps新手吧,那你按照我说的做吧。”那我岂不成了教父了?呵呵。要知道,这篇文章的作者只不过是一个3个月前才知道世上有lammps这款代码的家伙,他根本就没有完全读完和读懂lammps手册,他对MD的基本理论了解的是少之又少。我只不过是想结合我学****lammps的过程,写一下我的体会和建议,供新手参考。如果你觉得这个指南对你有用,那固然很好;但是如果你看后觉得我说的都是屁话,那也很好,你可以按照另外的思路去学****lammps,同时,你还可以按照我的联系方式大骂我一顿,我也会洗耳恭听的。
如果这篇文章真的对lammps的初学者有些许帮助,那我将感到十分的欣慰。(返回本文目录)
1. 首先确定lammps是不是适合你
可以从以下两个网页找到答案:
如果你觉得看英文很不爽,这里有一个中文翻译—-By
我也简单说几句,分子动力学要做的,大部分lammps都可以做(呵呵,这句话我是听别人说的)。lammps源代码公开,免费下载,你可以根据自己的需要修改lammps代码,重新编译。lammps可以在并行环境中运行,这更能体现出它强大的计算优势。它能模拟上百万的原子体系,气态,液态或者固态,在各种系综下。lammps提供了各种势函数供你选择,具体请到lammps官网查询。
再说说lammps所谓的“缺点”吧。
相比lammps的计算能力,它提供给我们的前后处理的功能显得相对弱了一些。对于一些复杂体系初始构型的建立,lammps表现得并不是很尽如人意。所以lammps提供了一个read_data命令可以读入一个data文件,这个文件包括体系中各个原子的xyz坐标等等相关参数。对于这个文件中定义系统的部分,我有两个建议,用其它的软件做好体系构型,导出数据文件,然后按照lammps规定的格式(参阅手册中read_data命令)修改;或者你的计算