文档介绍：实用微生物组学信息分析精品班
为帮助各领域广大科研人员解决从方案设计、数据解读、图表绘制、数据挖掘和文章设计各环节中遇到的问题。北京市计算中心特聘请一线项目经验丰富的科研人员精心组织了本次培训课程,为保证听课质量和教学质量,本研讨班采用小班授课方式。课程内容针对性极强、上机实践比重更达到70%,整套课程教学目的明确,从微生物组学实验方案的宏观到细节再到注意事项的讲解,为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基础,上机实践课程贯穿从测序数据下机后质量评估、物种注释到数据分析和结果呈现整个流程。诚邀各领域广大科研工作者和高校教师及研究生报名参加!
时间地点:
时间:2017年5月16日-19日
地点:北京海淀区丰贤中路7号
主办单位:
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位:
华斯泰生物医学科技有限公司、北京市计算中心
协办单位:
中国生物工程杂志
课程内容:(上课时间:上午:9:30-12:00 下午:1:30-5:00)
日期
时间
授课题目
授课内容
第一天
9:30-12:00
微生物组学研究概论及进展
1、微生物组研究的发展历史
2、微生物测序分析技术及实验技术原理
3、研究热点分享
13:30-17:30
经典案例分享和方案设计与文章架构设计
1、微生物组学经典文章回顾,未来微生物组学发展方向
2、已发表各类精品文章的经验总结:包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案
3、文章写作经验分享,包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧
第二天
9:00-12:00
Linux基础操作
1、Linux常用命令使用和上机操作
2、Linux环境下软件安装
16s测序分析结果解读
1、OUT分析
2、物种分类与丰度分析
3、Alpha多样性分析
4、Beta多样性分析
5、显著性差异分析
13:30-17:30
16s数据分析(上机)
1、质控与数据拼接
2、OTU聚类
3、物种注释
4、统计分析:(1)α多样性分析;(2)β多样性分析;(3)群落结构及丰度分析;(4)进化分析;(5)差异分析(Lefse);(6)功能分析(picrust)。
第三天
9:00-12:00
宏基因组测序分析结果解读
1、物种注释分析
2、差异物种分析
3、差异基因分析
4、功能注释分析
5、MGS分析
13:30-17:30
宏基因组数据分析(上机)
1、质控
2、拼接组装
3、聚类Binning:TETRA; MetaCluster; Phymm等
4、基因注释:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator等
5、功能注释:RAMMCAP;Blast等
6、统计分析:(1)物种分析;(2)功能分析;(3)差异分析;(4)比较分析
第四天
9:00-12:00
R的数据处理功能及统计应用
1、R的安装、运行与使用
2、R语法介绍(R基本符号)
3、R数据处理,对R语言中常用的数据结构包括向量,数组,矩阵,列表,数据框等的介绍、使用方法及使用范围
13:30-17:30
R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用
1、基础绘图工具(绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存)