文档介绍：上海第二医科大学硕士学位论文中国人群冠状动脉粥样硬化大规模关联研究姓名:王颖申请学位级别:硕士专业:遗传学指导教师:黄薇20050501学位论文独创性声明本人所呈交的学位论文是我在导师的指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知,除文中已经注明引用的内容外,本论文不包含其他个人已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体,均已在文中作了明确说明并表示谢意。作者签名:.!学位论文使用授权声明本人完全了解上海第二医科大学有关保留、使用学位论文的规定,学校有权保留学位论文并向国家主管部门或其指定机构送交论文的电子版和纸质版。有权将学位论文用于非赢利目的的少羹复制并允许论文进入学棱图书馆被查阅。有权将学位论文的内容编入有关数据库进行检索。有权将学位论文的标题和摘要汇编出版。保密的学位论文在解密后适用本规定。学位论文作者签名黜名考饭日期:拦至:三日期:趁堕:≤坪中文摘要中国人群冠状动脉粥样硬化大规模关联研究随着人类基因组序列的绘制完成,基因组序列变异研究,特别是单核苷酸多态性(singlenucleotidepo[ymorphism,SNP)研究,成为新一轮基因组科学的研究重点,不断发展的高通量基因分型技术更使得人类对复杂性状疾病的研究成为可能。由于SNP具有数量多、分布广、密度大、突变率低等特点,因此在人群多样性、疾病基因定位和药物基因组学的研究中都发挥了重要的作用。国际HapMap计划的开展,将SNP研究推向了一个新的高潮,SNP作为极具优势的遗传标记为深入研究连锁不平衡、以及利用连锁不平衡进行基因精细定位、关联分析等提供了良好的先决条件。在参与国际HapMap计划2l号染色体工作的同时,我们利用5个j5三亚代表性人群、以及欧洲人群和非洲裔美国人群对2l号染色体上26,112个SNP进行了研究。研究表明东亚各群体内部的差异很小,尤其是汉族、苗族、佤族和壮族之间,维吾尔族由于其群体历史的原因与这4个群体存在~定的差异。同时我们观察到绝大多数的常见SNP及其连锁不平衡模式在主要人群中共享,这为我们利用公共数据库寻找SNP及其单倍型标签SNP并应用于关联研究中奠定了基础。经过比较分析,我们评估了现有SNP数据库的实用价值,认为现有的dbSNP不仅SN?的数量众多、密度大、而且SNP多态性较可靠,从而为我们进一步利用SNP及其连锁不平衡进行大规模关联分析方法来研究多基因常见疾病打下了良好的基础。冠心病是严重威胁人类健康的常见疾病之一,冠状动脉粥样硬化是引发冠心病和心肌梗塞最主要的病理变化。过去五十多年来流行病学、病理学和分子生物学的研究已经证明了冠状动脉粥样硬化是一个多因素、多步骤的病理变化过程,其中涉及到众多的易感基因及其变异,并且提示冠状动脉粥样硬化的发生不仅仅与单个基因相关,还存在基因一基因、基因一环境的相互作用。随着高密度SNP图谱的不断完善,单倍型、连锁不平衡的广泛应用,以及高通量、低成本SNP基因分型技术的相继推出,使我们以生物通路为基础系统地研究冠状动脉粥样硬化成为了可能。本研究就是以常见疾病一常见变异假设为基础,利用SNP和关联2分析来研究可能与冠状动脉粥样硬化相关的3个生物通路和25个重要的候选基因,试图确定与冠状动脉粥样硬化相关的基因和生物通路。经过对以往研究成果的分析,我们确定了与冠状动脉粥样硬化发病和病理过程相关的抗氧化通路、炎症通路和凝血一纤溶通路作为研究的候选生物通路,此外我们还选择了一些生物功能上支持相关的重要候选基因,最终确定了123个候选基因。通过寻找候选基因区域内的单倍型标签SNP或一定密度确定SNP,我们共确定了1518个SNP位点,利用11lumina基因分型系统对492个病例和424个对照样品进行基因分型,获得的分型结果和推算单倍型结果与冠状动脉粥样硬化进行关联分析。在本研究中观察到了116个SNP和41个单倍型与冠状动脉粥样硬化相关(P<,Pmin=),由此确定了38个冠状动脉粥样硬化的易感基因。其中炎症通路中的ITGA2、CD36、VCAMl,抗氧化通路中的PONl和凝血一纤溶通路中的F5,这些基因中集中了较多的阳性SNP位点,并且通过结果分析提示这三个通路确实是冠状动脉粥样硬化病理过程中极为重要的环节,与疾病高度相关。另外,在对38个易感基因的功能分析来看,冠状动脉粥样硬化可能是由于生物通路中某几部分基因功能改变,缓慢效应累积而致病的。此外,通过对欧洲和非洲群体的比较,我们观察到由于群体差异而造成的SNP频率差异,其中部分表现在冠状动脉粥样硬化相关的阳性位点上,这提示了冠状动脉粥样硬化存在遗传异质性,在不同群体中可能存在发病机制上的差异。运用大规模SNP对多基因疾病进行关联分析研究,通过对生物通路系统分析来解释多基因疾病中基因一基因之间