文档介绍：上海第二医科大学
硕士学位论文
问号钩端螺旋体基因组DNA芯片的研制及初步应用
姓名:盛跃颖
申请学位级别:硕士
专业:病原生物学
指导教师:刘晶星
20050501
⋯文⋯名:渤溆⋯名:刻跹日期:亟￡。学位论文使用授权声明学位论文独创性声明望篁:糏皇坚:【:羔本人所呈交的学位论文是我在导师的指导下进行的研究工作及取得的研究发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体,均己在本人完全了解上海第二医科大学有关保留、使用学位论文的规定,学校有权保留学位论文并向国家主管部门或其指定机构送交论文的电子版和纸质版。阅。有权将学位论文的内容编入有关数据库进行检索。有权将学位论文的标题和摘要汇编出版。保密的学位论文在解密后适用本规定。成果。据我所知,除文中已经注明引用的内容外,本论文不包含其他个人已经有权将学位论文用于非赢利目的的少量复制并允许论文进入学校图书馆被查文中作了明确说明并表示谢意。作者签名日期:
问号钩端螺旋体基因组酒难兄萍俺醪接τ中文摘要研究生:盛跃颖导师组:郭晓奎钩端螺旋体是一种在进化和分类学上较为独特的微生物,其中致病性钩端螺旋体所引起的钩体病是威胁人类健康和畜牧业生产的常见人兽共患病之一。目前对其生理代谢、遗传进化、致病机理的了解较为有限。醪阶⑹偷幕∩峡U沟摹N颐抢肞引物设计软件筛选出问号钩体赖型赖株基因的特异性区域进行引物设计。对成功设计出相应引物的基因用椒ń欣┰觯不竦霾镉糜诘阊状沃聘髁宋屎殴扯寺菪的基因组酒2⒂盟ü庠咏徊呗远孕酒柿拷辛顺醪狡拦馈2慰株自身杂交实验的结果表明:该芯片具有较高的点一致性、信噪比和较低的假阳在完成芯片制备的基础上,我们初步建立了相应的比较基因组学和转录组学赖株属于同一基因种的澳洲型作为待测株,进行比较基因组学测株所共有的。通过进一步分析和验证芯片实验结果,建立更为合理的数据分析方案,我们可更好地利用所制备的芯片分析问号钩体不同血清型的菌株或遗传学上与问号钩体相近的钩体其他菌种在基因组上的差异与相似性,从而揭示钩端螺旋体不同菌株或菌种的特有、共有基因或致病株的特异性基因等,较全面地探究史耀舟本研究是在我国完成的问号钩体赖型赖株们ɑ蜃椴庑蚬ぷ骷的研究平台,利用芯片的高通量、高度自动化等特点,可大规模开展这两方面的研究工作。在开展基于芯片的比较基因组学研究时,首先选取了与参考株问号钩体赖型杂交实验。结果表明参考株约%的基因感酒纤陌谢是与待问号钩体血清学分型的分子基础,毒力相关基因的分布及钩体基因组进化的基本另一方面为了建立基于芯片的转录组学研究的实验方案,我们采用了总导师:刘晶星性率。规律等。上海第二医科大学硕士学位论文
苯佑ü獗昙欠ɡ粗聘魈秸耄辛俗B甲檠У牟慰贾曜陨肀冉鲜笛椤J于进一步地数据分析。据此实验方案,我们比较了问号钩体赖型赖株在。手两种不同的体外培养温度下基因表达谱的差异,数据分析表明其在两种不同的培养温度下约有%的基因转录情况发生了较显著的变化。但芯片结果仍需用定量,印迹等方法进行验证。该平台的初步建立说明可进一步设计不同的实验方案来监测问号钩体在不同生长阶段、生长条件下或受到不同刺激后基因表达谱的变化,揭示其在特定条件下的代谢通路,推测共表达基因的功能及其调控机制,或筛选新的毒力相关基因等,较全面地探索钩体致病机制及生理代谢绕涫怯爰膊∠喙氐拇坏骺的分子基础。通过问号钩体基因组酒跋嘤ζ教ńㄉ璧牟欢贤晟疲没蛐酒这一技术能更全面深入地探究问号钩体的遗传特征、代谢调控及致病机制等,为验结果表明所采用的标记方法的标记效率较高,且操作简便,芯片杂交结果显示约%样点有明显高于背景的信号值コ尘爸岛蟮男藕胖荡笥捎研制新型的钩体病诊断方法或钩体疫苗提供更多的信息支持。关键词:问号钩端螺旋体酒比较基因组学转录组学汉5诙娇拼笱妒垦宦畚中文摘要
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前言微生物,菌体为圆柱形,一端或两端呈钩状。其中致病性钩体能引起一种威胁人主要临床表现是高热、头痛、寒战、乏力、淋巴结肿大和明显的肌肉疼痛。重者可并发肺出血、黄疸、脑膜脑炎和肾功能衰竭等。我国是该病的主要疫区之一,曛两穹⑸谓洗蠊婺5牧餍小】。化为重要致病菌的机制缗曰蜃R频目赡苄在分类学上,年版《系统细菌学手册》中螺旋体分为俊科。钩端螺旋体属上升为与螺旋体科平行的钩端螺旋体科,其旋体属的微生物又分为致病性纳的问号钩体∞.和腐生型的等血清学方法,问号钩体又可分为个血清群,至少含有鲅G逍停煅》中螺旋体目共包括了隹疲绰菪蹇、钩端螺旋体科和新增的小蛇菌科6扯寺旋体属的微生物根据基因型分类重新分为了个基因种遗传学分类的结果与传