文档介绍：上海交通大学
博士学位论文
基于分子进化的乙型肝炎病毒耐药机制研究
姓名:陈立
申请学位级别:博士
专业:内科学(传染病)
指导教师:张欣欣
20090501
基于分子进化的乙型肝炎病毒耐药机制研究┰鯤逆转录酶区及与其完全重叠录酶基因和包膜蛋白基因上出现的正选择位点,分析互相重叠的逆转录酶基因和包膜蛋白基因中不同密码子位点的累积变异熵,并构建进化树分析。结果:对抗病毒治疗早期的乙肝病毒准种动态变化分析发现,在治疗基线时,应答摘要目的:应用生物信息学技术从分子进化的角度研究乙型肝炎病毒哪鸵┗啤本文主要从两部分进行研究。第一部分主要研究在拉米夫定治疗过程中乙肝病毒准种早期的动态变化规律及其与抗病毒疗效之间的关系。第二部分主要研究在拉米夫定治疗过程中乙肝病毒的适应性进化。方法:在第一部分研究中,一共纳入了例拉米夫定抗病毒初治的慢性乙型肝炎患者,其中例为应答者,例为无应答者。取治疗基线和治疗后第艿难G澹提┰鯤逆转录酶区,克隆后测序。比较两组间准种复杂度和准种多样性的差异,并比较抗病毒压力下病毒的进化速率,对治疗基线和第苁钡牟《序列应用最大似然法构建进化树。在第二部分研究中,选择上述追蚨ǹ共毒治疗的慢性乙型肝炎患者,其中SΥ鹫撸例为无应答者。应答组取治疗基线、第堋亓孔畹偷阊G澹抻Υ鹱槌鲜鍪奔涞阋酝猓寡∪〔《狙突破和第周时的血清。同样抽提的包膜蛋白基因,克隆后测序。应用最大似然法检测在抗病毒压力下乙肝病毒逆转组和无应答组之间准种复杂度和准种多样性没有统计学差异;然而,在治疗上海交通大学博士学位论文
的第埽瘟朴Υ鹱榈淖贾指丛佣群妥贾侄嘌韵灾陀谖抻Υ鹱胯。其中周时的准种复杂度均升高。应答组在抗病毒治疗前艿牟《窘俾氏灾煊谖应答组。应答组病毒在治疗苣诳焖俚亟=峁辜虻ァ⒈湟焐俚牟《咀种,而无应答组病毒则缓慢地进化为结构复杂、变异增多的病毒准种。上述差异与通过对抗病毒治疗过程中乙肝病毒的适应性进化分析发现,无应答组在乙肝病毒进化占优势;在病毒学突破之后,逆转录酶基因进化占优势。进化树分析显示耐药变异株是在抗病毒压力下逐渐选择出来的。结论:在拉米夫定抗病毒治疗的早期,应答组和无应答组乙肝病毒准种的动态变化表现为不同的模式。在治疗第苁钡囊腋尾《咀贾指丛佣群投嘌杂肜追蚨ǹ在拉米夫定抗病毒治疗过程中,耐药变异株是被逐渐选择出来的,病毒蛋白上出现抻Υ鹫咴诳共《局瘟乒讨蠬亓垦杆傧陆抵恋陀诩觳馑剑诘病毒基因型和刺薰亍逆转录酶区和包膜蛋白区的正选择位点数目明显多于应答组直鹗鯲觯个。在无应答组的逆转录酶区中,检测出了个正选择位点,其中包括了已知的耐药位点;同时,在其包膜蛋白区中,检测出个正选择位点。其中出现频率比较高的正选择位点中,鑫挥贖拗频腃细胞表位中,鑫于狣拗频腃细胞表位中,鑫挥诎さ鞍譗决定簇中。包膜蛋白上的正选择位点出现在病毒学突破之前。对相互重叠的逆转录酶基因和包膜蛋白基因不同密码子位点的累积变异熵分析发现,无应答组在病毒学突破之前,包膜蛋白基因病毒治疗的疗效和耐药相关,且可以提供比亓扛岣弧⒏屑壑档男畔ⅰ上海交通大学博士学位论文基于分子进化的乙型肝炎病毒耐药机制研究
的正选择位点赋予了病毒在特定的环境下最佳的适应性。在逆转录酶基因尚未出现鱿值恼≡裎坏憧赡芡ü庖咛右菔共《净得生存的机会,为进一步选择出耐药变异株奠定基础。关键词:肝炎病毒,乙型;拉米夫定;耐药;治疗结局;基因异质性;分子进化耐药变异位点之前,包膜蛋白基上海交通大学博士学位论文基于分子进化的乙型盯炎病毒耐药机制研究
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日期咖夕年华月勰日玄上海交通大学学位论文原创性声明本人郑重声明:,是本人在导师的指导下,独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外,本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体,均己在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名:上海交通大学博士学位论文基于分子进化的乙型肝炎病毒耐药机制研究Ⅱ