文档介绍：计算化学理论和应用 -第十二讲
putational Chemistry laboratory
Beijing Normal university
Gaussian中的自定义杂化泛函
示例
基本输入
分子力学简介
mend Book: Andrew R. Leach, Molecular Modelling
分子力学的基本思路
化学键的势能函数的解析形式; 平衡键长req处势能为零,键的解离能为正,势能函数连续
在有机分子中,不同的分子中相同的化学键具有相同的特征
振动光谱;
热化学实验数据表明,分子的总焓可以视作键焓的总和;
1946年,Hill提出计入空间效应,极小化能量计算分子结构;
1946年,Westheimer和Mayer首次使用经验势能函数对联苯
化合物进行计算
分子力学中的分子能量
1,键的伸缩
2,键角弯曲
3,键的扭转
4,范德华力
5,静电作用
6,氢键作用
键伸缩(Bond Stretching)
键伸缩势能函数的Taylor展开
Morse势能函数
展开后得
存在关系式
MM3力场
键角弯曲(Valence Angle Bending)
类似于键伸缩的势能函数
MM3力场取到6次项,Amber力场只取到4次项
存在的问题:
1, 在键角接近180º的时候函数不能正确反映实际的能量;
2, 无机化合物中,同一类键角在同一化合物中存在不同
平衡构型;
键扭转(Torsions)
周期性势能函数
j:扭转角的多重度;y:相角
对于同类键角不同大小的处理
面外弯曲(Improper Torisons)
三种定义方式: