文档介绍：蛋白质序列分析
生物信息学
蛋白质序列分析
教材 Page 84~96 蛋白质序列分析
教材 Page 138~152 生物大分子结构数据的浏览(RasMol 软件)
教材 Page 175~184 蛋白质结构的同源模建
下次课上机实习
蛋白质序列分析的主要内容
蛋白质序列检索
蛋白质序列比对
蛋白质基本性质分析
蛋白质功能预测
蛋白质结构预测
蛋白质分子进化分析
蛋白质分子设计(比如药物设计)
蛋白质组学分析
数据库 + 软件
蛋白质序列分析
1、蛋白质序列检索
2、蛋白质序列比对
3、蛋白质基本性质分析
4、蛋白质功能预测
5、蛋白质结构预测
(一)、蛋白质序列检索
蛋白质序列分析举例:
家蝇抗菌肽(antimicrobial peptide)研究
假设核酸序列检索没有发现家蝇defensin的编码序列。
由于家蝇属于双翅目(Diptera)昆虫,我们可以通过NCBI的蛋白质序列检索, 寻找多种昆虫防御素的氨基酸序列, 尤其是双翅目昆虫防御素的氨基酸序列。
然后进行氨基酸序列的多序列比对, 找出昆虫防御素的保守区域, 根据保守氨基酸序列,设计简并引物,然后尝试从家蝇总RNA中反转录(RT-PCR)扩增目的基因片段。
Protein
defensin diptera
All: 242
点击索引号的链接便可得到相关
的蛋白序列,比如我从中选取了
十条(按蚊、伊蚊、果蝇等)。
(二)、蛋白质序列比对
昆虫(双翅目)防御素多序列比对
接下来,我们利用综合性序列分析软件(比如DNAMAN)对这10条昆虫defensin 序列进行多序列比对,找出它们的保守氨基酸序列。
多序列比对