文档介绍：从EditSeq开始
EditSeq是能够迅速、正确地输入,并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分,上边的一部分为序列文件,中间的一部分里是评论,底部是序列的注释。
EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA,GenBank,ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外,序列也许通过使用键盘输入,或者从其他地方复制
、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。
序列被打开后,EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译,或者反翻译,寻找开放读框,还可以进行阅读校对。另外, EditSeq能以GenBank,FASTA和GCG格式输出序列。
如果在使用这软件中需要帮助,可以和DNASTAR联络。电话:(608)258-7420,传真:(608)258-7439,电子信件:support@,或者经.
内容
打开已有序列 23
寻找开放读框 24
DNA序列翻译 24
遗传密码选择使用 25
遗传密码修改 25
序列的反向互补及反向转换 26
BLAST检索 27
序列信息查看 28
序列校读 29
序列的保存与输出 29
打开已有序列
我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“”开始。
假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时,用Set Ends命令去除5’和3’污染序列。
l 从文件菜单(FILE MENU),选择Open。
l 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。
l 单击位于对话框右下角的Set Ends按钮。Set Ends被打开(如右)。
l 在5’框和3’框中键入50和850,点击OK。单击Open打开序列。
当EditSeq窗口打开时,序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。
寻找开放读框
在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的ORF,并翻译它。
l 从SEARCH MENU找到ORF,点击打开会出现右边的对话框。
l 单击Find Next寻找第一个ORF的位置。
l 继续点击Find Next直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。
DNA序列翻译
这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF,不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内,三联码指示棒显示为实心黑线(如左图)。如果你的
选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。
l 选定ORF,从GOODIES MENU菜单中选择翻译(Translate)。
l 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中(如右图)。它是使用标准的遗传密码翻译的。
使用其它遗传密码
根据你的序列的来源,你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中,我们将标准的遗传密码转换成Ciliate Macronuclear密码。
l 从GOODIES ic Codes打开,子菜单显示如左。
l 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码的转换,EditSeq现在使用的就是Ciliate Macronuclear的遗传密码。
l 同样可以将遗传密码转换为其它类型。
遗传密码的编辑
这一节中我们修改Ciliate Macronuclear的遗传密码。
l 从GOODIES MENU菜单选择Edit Selected Code。这将打开右面的窗口,窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。
l 如以DNA形式展示密码,点击DNA按钮。
l 编辑时,单击任何要编辑的密码,从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。
l 如使用不同的启始密码子,单击Set Starts按钮。第二的遗传密码窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。
l 单击任何氨基酸(或者codon位置),该密码子就会变成绿色,而且旁边出现一个箭头,它就被设定为起始密码子了。如要去除,只需单击它即可。如不保存,则单击取消;如要保存,单
击保存为。
序列的反向互补及反向转换
下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。
l 选定序列。
l 从GOODIES MENU菜单,选反向互补序列(plement),或者把序列颠倒过来(Reverse Sequence)命令,则被选定的