文档介绍：综合序列分析软件BioEdit2003级高芳銮BioEdit简介BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器,可在Windows95/98/NT/2000中运行,它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。与DNAMAN相比,其分析内容相对丰富一些,而且提供了很多网络程序的分析界面和接口,与DNAMAN等软件配合使用更好。尤其值得一提是利用BioEdit能够十分方面地根据指定的核酸序列绘制相应的质粒图谱。序列的常规操作:序列输入:多种序列输入方式;序列分类:按标题、位置、定义、参数、注释等分类;成对排列:两序列的最佳排列及计算同一性和类似性;序列屏蔽:仅采用联配中部分区域进行分析而排除其他。核酸分析:组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶;蛋白质分析:氨基酸成分、疏水性轮廓、疏水力矩平均数翻译或反翻译:把DNA或RNA翻译成蛋白质;切换翻译:在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列;点图[成对比较]:相互比较两序列的矩阵,生成一个点图。客户端程序ClustalW使用互联网工具HTMLBLAST网络浏览器PSI-BLASTnnPredict…进化分析主要内容绘制质粒图限制性内切酶图蛋白质分析组成分析熵图疏水性轮廓联配中搜寻保守区根据密码子的使用翻译核苷酸RNA比较分析共变潜在配对互交信息分析一、绘制质粒图(Plasminddrawing)使用BioEdit质粒绘图功能,序列可以通过自动的位置标记,自动修改成环形质粒。特征、多连接位点和限制性位点可以通过使用对话框增加。当将一个序列进入质粒图时,在背景上出现一个限制性内切酶图谱,所以可以通过对话框选择可以增加限制性位点。它们自动增加到当前的位点。质粒功能提供简单的绘制和标记工具。标签和绘图可以通过鼠标移动和缩放。想要编辑目标性质,双击目标。想要从一个DNA序列产生一个质粒,从“Sequence”菜单中“NucleicAcid”子菜单中选择“CreatePlasmidfromSequence”选项。选择这个选项时,限制性内切酶图谱将会使用通常商业化的,储存在存储器中的限制性内切酶。质粒第一次产生时,它显示成有10个位点标记的圆圈,中央是标题。:(限制性位点)想要增加限制性位点,从“Vector”菜单中选择“RestrictionSites”选项。将会显示一下对话框:想要显示图谱中的限制性内切酶,从右边(“Don'tShow”中)选择任何想要的酶,用按钮将它们移动到左边。按下“Apply&Close”时,这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“U”。如果没有“U”,将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置,在“Show”中增加选择的酶的亮度,按下按钮将它们移动另一边。(位置标记): 点击“Vector”菜单中的“PositionalMarks”选项,可以出现以下对话框:  可以通过移动位置标记到“Show”中,单独增加位置标记,或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记,选择“Divideinto:”中的下拉菜单顶端的“None”。