文档介绍：利用生物信息学方法开发鹌鹑微卫星标记
白俊艳,庞有志,赵淑娟
(河南科技大学动物科技学院,471003)
摘要:本研究对已公布的鹌鹑核酸序列和EST序列总计635条序列中1~6核苷酸重复SSR的分布进行了分析。结果表明,其中共发现120条SSR,%。%,%,五核苷酸重复基元和四核苷酸重复基元的SSR类型,%%,没有发现六核苷酸重复基元的SSR。组成这些SSR的主要基序有AT/TA,CA/GT,GA/CT,CAG/GTC,AGG/TCC,TAA/AAT,GGC/CGG,GAC/CTG,CGA/GCT,GCA/CGT,GAG/CTC,A,TCTT,TTTG,TCCA,ATGAT/ATCAT,T,。并且SSR的重复次数都在5以上,由此可以推测利用鹌鹑核苷酸序列和EST序列中的SSR序列将有可能开发一批有价值的SSR分子标记供各种研究所用,还有助于鹌鹑高密度遗传图谱的构建、重要功能基因克隆及基因功能等研究。
关键词:鹌鹑;微卫星;生物信息学方法
鹌鹑分为野生鹌鹑和家养鹌鹑两类。野生鹌鹑主要有野生普通鹌鹑和野生日本鸣鹑两种野生普通鹌鹑。鹌鹑具有体型小、产蛋能力强、繁殖快、易饲养、耗料少等特点,因而具有较高的经济价值,同时还因其敏感性好、世代间隔短,是一种很好的实验动物,可供营养学、遗传学、疾病学、组织学、胚胎学、生理学、繁殖学、药理学等学科方面的实验和研究。然而,现阶段对鹌鹑的遗传资源研究不多,对于分子遗传标记领域的研究报道比较少。
微卫星(microsatellite)是DNA序列中以1~6个碱基为一个重复单位,重复一般在10~20次左右,首尾相接的串联重复序列,又称为简单序列重复DNA(SSR)。目前微卫星标记已经广泛应用于牛、猪、羊等家畜的遗传育种中,主要包括个体识别和品系鉴定,群体遗传结构与遗传关系分析,功能基因和QTL定位,构建基因图谱,杂种优势预测。微卫星标记在鹌鹑中的研究报道比较少,Kayang等[1](2004)开发了鹌鹑100多个的微卫星标记,并首次绘制了鹌鹑的部分遗传连锁图谱。Kayang等[2](2006)利用AFLP和SSR标记构建了鹌鹑的部分染色体的遗传连锁图谱。到目前为止,已经开发的鹌鹑的微卫星标记仍然为数不多。随着生物技术、生物信息学的发展,GeneBank、DDBJ等国际生物学公共数据库中核酸序列信息也在不断增多,为我们开发鹌鹑微卫星标记提供了条件。利用生物信息学方法从这些数据库中检索SSR序列无疑是一个简便快速的方法。这种方法节省了传统微卫星开发过程中的大量测序费用,也节省了大量人力,因此具有广阔的应用前景。本研究的目的就是利用生物信息学方法开发鹌鹑的新微卫星标记,为开展鹌鹑遗传多样性研究、品种鉴定、比较基因组研究、进一步完善鹌鹑遗传连锁图谱等工作提供更方便实用的标记。
1 材料与方法
首先,对NCBI中的公共数据库Genebank中的所有鹌鹑核酸序列和EST序列进行检索,网站为:.gov/。然后,用微卫星在线搜索工具SSRIT从这些鹌鹑序列中查找微卫星,网站为/searches/ssrtool。最后将找到的微卫星利用