文档介绍：综述与专题评论
16S rRNA 二级结构分析在微生物分类鉴定中的应用*
赵婷,李辉,程池
, , ,
中国食品发酵工业研究院中国工业微生物菌种保藏管理中心北京 100027
摘要综述了 16S rRNA 二级结构图形分析在微生物分类鉴定中的应用,并采用该方法比较了枯草芽孢杆菌
Bacillus subtilis 和地衣芽孢杆菌 Bacillus lichenformis 模式株 16S rRNA 可变区二级结构的差异,结果表明,该
方法可以应用于细菌相近种间的区分。
关键词 16S rRNA,二级结构,枯草芽孢杆菌,地衣芽孢杆菌
[]
, 7
二级结构相比核苷酸一级序列具有更高的稳定有力工具。1993 年 Neefs 等完善和改进了 Woese
, , ,
性对于维系生物功能性极为重要。近年来 16S 提出的模型阐述了真细菌、古细菌、真核生物的核糖
rRNA 二级结构图形分析用于微生物分类鉴定及系体小亚基的二级结构模式图及之间的区别。奥斯汀
大学实验室建立的
统发育分析逐步发展起来。枯草芽孢杆菌 B. subti- TEXAS parative RNA
[ ]
数据库 8 - 9 ,包含有最近更新的参照
lis 和地衣芽孢杆菌 B. lichenformis 广泛应用于工 Web CRW Site
业生产,产生多种蛋白酶淀粉酶麦芽糖酶葡聚菌株的二级结构模型,同时
、、、β- E. coli J01695 16S rRNA
[ ]
1 - 2 包括二级结构模型的演变历程新旧结构模型
糖酶、木聚糖酶等。枯草芽孢杆菌 B. subtilis 的 rRNA 、
的比较信息核苷酸序列及结构数据等二级
某些株为传统发酵食品纳豆的生产菌株。但是由于、。rRNA
[]
3 , 结构模型的建立揭示了微生物类群中核糖体结构保
这两个菌种 16S rRNA 基因同源性很高表型特征
[]
4 , , 守性一般大于序列保守性,并且二级结构的稳定性与
极其相似常规鉴定方法较难区分本文通过 16S
, 功能性紧密相关
rRNA 二级结构图形分析比较评估该方法用于区分。
二级结构预测方法主要包括最小自由能法
枯草芽孢杆菌 B. subtilis 和地衣芽孢杆菌 B. li- RNA
[ ]
和比较序列分析法最小自由能算法是 10 在
chenformis 的可行性。。 Zuker
, , ,
1981 年提出的发展至今已相当成熟使用方便预
概念,
1 测成功率高基于 RNA structure 软件预测。比较序
[ ] [ ]
列分析法,由 11 和 12 于年和
16S rRNA 二级结构是指 rRNA 序列通过自身回 Mathias Lowe 1998 1997
年分别提出,比较序列分析法可靠性较强,但其预测
折形成碱基配对的茎区 stem 以及不配对的发卡环
结果强烈依赖于多序列比对的结果,操作繁复,工作
hairpin loop 、突环 bulge loop 、内环 interior
量大目前流行的做法是把两者结合起来使用
loop 、多支分环 multi-bran