梨EST-SSR 标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价.pdf

文档介绍：中国农业科学 2010,43(24):5079-5087
Scientia Agricultura Sinica doi: .0578-
梨 EST-SSR 标记的开发及其在梨品种遗传
多样性分析中的应用评价
王西成 1,3,姜淑苓 2,3,上官凌飞 1,曹玉芬 2,乔玉山 1,章镇 1,房经贵 1
(1 南京农业大学园艺学院,南京 210095;2 中国农业科学院果树研究所,辽宁兴城 125100;3 农业部果树种质资源利用重点开放实验室,
辽宁兴城 125100)

摘要:【目的】分析梨 EST 中 SSR 位点分布规律,开发梨 EST-SSR 引物,探讨 EST-SSR 用于梨品种遗传差异
研究的可行性。【方法】从 NCBI 公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1 293条,
利用 MISA 软件对其进行 SSR 位点查找,将符合条件的序列选出,利用 Plus软件设计 48 对引物,通过
非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些 SSR 引物的 PCR 扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实
性。【结果】1 293 条梨的 EST 序列中含有 SSR 位点的序列为 82 条,SSR 位点 92 个。二核苷酸、三核苷酸和六核
苷酸重复是最主要的 SSR 类型,分别占 %、%和 %。48 对引物中有 31 对引物能扩增出理想的 PCR 产
物,其中 27 对引物扩增条带具有多态性。同时发现 11 对引物中,有 %的片段具有相应的 SSR 位点。聚类结
果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨 EST-SSR 标记开发效率较高,是梨
SSR 标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。
关键词:梨;EST;SSR;遗传多样性

Development of EST-Derived SSR Markers for Pear and Evaluation
of Their Application in Pear ic Diversity Analysis
WANG Xi-cheng1,3, JIANG Shu-ling2,3, SHANGGUAN Ling-fei1, CAO Yu-fen2, QIAO Yu-shan1,
ZHANG Zhen1, FANG Jing-gui1
(1College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095; 2Research Institute of Pomology, Chinese Academy of
Agricultural Sciences, Xingcheng 125100, Liaoning; 3Key Laboratory of Fruit Germplasm Resources Utilization, Ministry of
Agriculture, Xingch