文档介绍：摘要本文针对生物DNA多序列比对问题,提出了基于LZ算法的渐进式多序列比对方法一LzMSA,其空间向量是采用10种复制方式进行构造,使得多序列比对方法LZ—MSA中的两两比对时间复杂度为O(NlogN)。该方法特点是:序列比对转为向量比对,指导树可动态修正。采用BAIisBASE库中的标准数据集的5个子集,对LZMSA与ClustalW,MAFFT进行测试比较,结果表明本文方法能在保证比对精度的前提下,大大缩短了比对时间。本文研究了生物信息学中的渐进式多序列比对算法,主要研究的内容如下:首先,介绍了序列比对涉及的基本内容:序列比对问题的描述,序列比对涉及的打分系统,替换矩阵,序列比对标准测试数据集和评价标准等。其次,对ClustalW渐进式多序列比对方法进行了深入研究,通过对其实现过程具体分析,指出了其优点与不足。然后,针对ClustalW中两两比对计算量大,容易陷入局部解的不足,提出以LZ算法为基础的渐进多序列比对方法LZ-MSA,使用MicrosoftVisualC++开发工具设计并实现了一个基于Windows操作系统的多序列比对程序LZ-MSA。最后,利用BAIiBASA库中的测试数据对LZ-MSA进行测试,并与ClustalW,MAFFT进行对比分析,结果表明LZ_MSA与其相比具有可比的精度,而时间上却有更小的开销。这也表明该方法是有效的多序列比对方法。关键词:多序列比对:时间复杂度;LZ—MSAAbstractInthispaper,anovelprogressivemultiplesequencealignmentalgorithmLZ——(NlogN)andtheguidetreeisadjustedinLZ—"pairwisealignmentspeed,’—:Firstly,ontentaboutsequencealignment:substitutionmatrix,,,,forthepairwisealignmentinlargeamountofcalculationandeasytofailintolocalsolutionsinClustalW,anovelprogressivemultiplesequencealignmentalgorithmLZ——MSAbasedonWindowsoperationsystembyMicrosoftⅥsualC++.Finally,UsingagroupofBAliBASA'parativeanalysiswithClustalW,,:plexity;LZ——MSA知识水坝为您整理厦门大学学位论文原创性声明本人呈交的学位论文是本人在导师指导下,独立完成的研究成果。本人在论文写作中参考其他个人或集体已经发表的研究成果,均在文中以适当方式明确标明,并符合法律规范和《厦门大学研究生学术活动规范(试行)》。另外,该学位论文为()课题(组)的研究成果,获得()课题(组)经费或实验室的资助,在()实验室完成。(请在以上括号内填写课题或课题组负责人或实验室名称,未有此项声明内容的,可以不作特别声明。)声明人(签名):軎p振礁沙明年。7月6f日知识水坝为您整理厦门大学学位论文著