文档介绍：.单位代码 10445
学号 2009020924
分类号
硕士学位论文
论文题目:室温下的小蛋白折叠研究
学科专业名称原子与分子物理
申请人姓名孙淑臻
导师姓名张庆刚教授
论文提交时间 2012 年 4 月 8 日
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山东师范大学硕士学位论文
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签字日期:2012 年月日签字日期:2012 年月日
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目录
中文摘要„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 1
Abstract „„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 3
第一章前言„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 5
蛋白质的组成„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 5
蛋白质的空间结构„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 6
维持蛋白质稳定结构的相互作用力„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 9
第二章蛋白质折叠„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 11
蛋白质折叠观点„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 11
蛋白质折叠理论模型„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 12
框架模型„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 12
疏水塌缩模型„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 13
扩散-碰撞-粘合模型„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 13
成核-凝聚-生长模型„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 13
拼版模型„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 14
蛋白质折叠与“折叠病”„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 14
第三章理论和方法„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 17
分子力学方法„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 17
分子动力学原理„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 17
分子动力学的积分算法„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 18
分子动力学模拟„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 20
能量最小化„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 21
Langevin 动力学„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 23
SHAKE 法„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 23
分子力场„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 24
溶剂效应„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 25
分子动力学方法的发展„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 26
第四章室温下小蛋白折叠的分子动力学模拟„„„„„„„„„„„„„„„„ 27
前言„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 27
研究方法„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„„ 27
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结果