文档介绍：第3章生物信息学资源与数据挖掘工具BIOINFORMATICS1数理与生物工程学院本章提要:介绍了生物信息学资源的发展趋势。详细介绍了包括基因组数据库、蛋白质序列数据库、蛋白质二级、三级数据库、蛋白质结构分类数据库、核酸和蛋白质结构数据库等各类生物信息学资源的、基本格式、检索方式等。介绍了“整合生物主要内容信息学”的基本概念,较详细地介绍了BLAST软件的内容及使用方法,并学****了几种通用的序列查询软件和对各级序列数据库进行综合查询的基本思路。BIOINFORMATICS数理与生物工程学院2§,有关分子生物学的诸如人类基因组计划、其它模式生物基因组计划大规模合作研究项目已在世界范围内开展起来。这些跨单位、跨地区甚至跨国的科研协作均需在保证实验数据可靠性和完整性的前提下,及时实现信息资源共享。因此,计算机数据管理技术在这一领域中得以广泛应用。各种分子生物学数据库业已建立并仍在不断发展之中,它们也已成为相关研究中的主要数据来源和数据交换手段。BIOINFORMATICS数理与生物工程学院3现阶段已建立的分子数据库种类繁多,内容广泛。例如,“NucleicAcidsResearch”杂志每年一月出版分子数据库专集,“Bioinformatics”杂志(puterApplicationsintheBioSciences,CABIOS)几乎每期均刊登分子数据库及相关软件的论文。这些数据库中收录的信息大致包括:BIOINFORMATICS数理与生物工程学院4基因与基因组序列蛋白质编码序列质谱与蛋白质组资料大分子结构大分子特殊活性及其他特性小分子及结晶分析等几方面的数据以及参考文献等还有不少专门管理分子数据库的数据库或索引网站(搜索引擎)。图3-1(a)欧洲分子生物学网络BIOINFORMATICS数理与生物工程学院6随着网络技术的普及,分子生物学信息系统大多数都实现了网络化。图3-1(a)是欧洲分子生物学网络(work,)(//)的主页。该网络不仅链接了欧洲及世界范围的DNA和蛋白质数据库,而且包含大量有关生物信息学的国际合作和教育培训等信息。图3-1(b)北京大学生物信息中心主页BIOINFORMATICS数理与生物工程学院8图3-1(b)是我国北京大学生物信息学中心的主页(.cn/)。和亚太生物信息学网络(work,)的中国节点,设有一些重要的分子生物学数据库的镜像服务BIOINFORMATICS数理与生物工程学院9越来越多的生物学数据库中的信息量呈爆炸性增长。例如,图3-2示出了3种主要的分子序列与结构数据库中信息量的增长状况。按目前比较通用的估计,世界范围内生物信息学数据量每12-18个月翻一番。图3-2(a)1982-2005年GenBank数据量增长情况