文档介绍：输入Help,窗口列出命令列表。
Help <command>,单命令介绍,包括该命令当前状态。如:help lset。
Manual,在mrbayes文件夹会产生一个命令详细介绍的文件。
(依次输入命令,完成简单也最常用的分析):
Execute ,打开待分析文件,文件必须和mrbayes程序在同一目录下。
Lset nst=6 rates=invgamma,该命令设置进化模型为with gamma-distributed rate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。模型可根据需要更改,不过一般无须更改。
mcmc ngen=10000 samplefreq=10,保证在后面的可能性分布中probability distribution至少取到1000个样品。默认取样频率:every 100th generation。
如果分裂频率分支频率split frequencies的标准偏差standard deviation在100,,当程序询问:“Continue the analysis? (yes/no)”,回答no;,。
sump burnin=250(在此为1000个样品,即任何相当于你取样的25%的值),参数总结summarize the parameter,程序会输出一个关于样品(sample)的替代模型参数的总结表,包括mean,mode和95 % credibility interval of each parameter,要保证所有参数PSRF(the potential scale reduction factor),如果不接近,分析时间要延长。
sumt burnin=250,总结树summarize tree。程序会输出一个具有每一个分支的posterior probabilities的树以及一个具有平均枝长mean branch lengths的树。这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。
< >内为需要输入的内容,但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes >的提示下才能输入。
文件格式:
文件输入,输入格式为Nexus file(ASCII,a simple text file,如图):
或者还有其他信息:
interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences
lade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持the full Nexus standard。
同时,Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点,如:如果一个特点有两个状态2、3,可以表示为:(23),(2,3),{23}或者{2,3}。但除了DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P