1 / 7
文档名称:

Mrbayes中文使用说明.doc

格式:doc   页数:7页
下载后只包含 1 个 DOC 格式的文档,没有任何的图纸或源代码,查看文件列表

如果您已付费下载过本站文档,您可以点这里二次下载

分享

预览

Mrbayes中文使用说明.doc

上传人:511709291 2015/12/1 文件大小:0 KB

下载得到文件列表

Mrbayes中文使用说明.doc

文档介绍

文档介绍:输入Help,窗口列出命令列表。
Help <command>,单命令介绍,包括该命令当前状态。如:help lset。
Manual,在mrbayes文件夹会产生一个命令详细介绍的文件。
(依次输入命令,完成简单也最常用的分析):
Execute ,打开待分析文件,文件必须和mrbayes程序在同一目录下。
Lset nst=6 rates=invgamma,该命令设置进化模型为with gamma-distributed rate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。模型可根据需要更改,不过一般无须更改。
mcmc ngen=10000 samplefreq=10,保证在后面的可能性分布中probability distribution至少取到1000个样品。默认取样频率:every 100th generation。
如果分裂频率分支频率split frequencies的标准偏差standard deviation在100,,当程序询问:“Continue the analysis? (yes/no)”,回答no;,。
sump burnin=250(在此为1000个样品,即任何相当于你取样的25%的值),参数总结summarize the parameter,程序会输出一个关于样品(sample)的替代模型参数的总结表,包括mean,mode和95 % credibility interval of each parameter,要保证所有参数PSRF(the potential scale reduction factor),如果不接近,分析时间要延长。
sumt burnin=250,总结树summarize tree。程序会输出一个具有每一个分支的posterior probabilities的树以及一个具有平均枝长mean branch lengths的树。这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。
< >内为需要输入的内容,但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes >的提示下才能输入。
文件格式:
文件输入,输入格式为Nexus file(ASCII,a simple text file,如图):
或者还有其他信息:
interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences
lade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持the full Nexus standard。
同时,Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点,如:如果一个特点有两个状态2、3,可以表示为:(23),(2,3),{23}或者{2,3}。但除了DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P

最近更新

2025年度高科技研发项目合同到期终止及成果转.. 8页

短期借款合同:企业对个人 5页

地下水资源管理与矿产勘查的关系-全面剖析 27页

2025年度高科技企业与技术工人战略合作伙伴协.. 8页

2025年重症患者CVP监测技巧与护理策略解析 24页

2025年度高校联合招生代理合作协议 9页

2025年度高新技术研发项目资金结算付款合同汇.. 8页

2025年度高新技术企业员工劳动合同补充协议 7页

2025年度高新技术企业代持股协议书 7页

2025年度高新技术产业人工劳务服务合同 9页

知识产权保护合同 7页

2025年德国留学推荐信模板 10页

2025年血液输注关键要点与安全须知 61页

2025年度餐饮业厨房深度保洁服务合同范本 8页

2025年度食品饮料供货商与经销商区域总代合同.. 9页

2025年虫害防治临床指南寄生虫篇精要 37页

的购房合同解除协议 6页

百货商场装修工程合同范本 6页

2025年药物临床应用安全与风险管控策略 62页

2025年药企销售高效沟通策略 46页

畜牧养殖基地土地承租合同 6页

2025年律政俏佳人大学生观后感精选5篇 11页

2025年度金融资产交易居间合同司法解释要点解.. 8页

初三毕业班2025届中考数学复习计划2 5页

齐齐哈尔市出租车驾驶员岗前培训试卷及答案 5页

2024年4月江苏省事业单位考试《综合知识和能力.. 16页

2023-2024学年度人教版小升初小学数学考试卷 4页

长春市酒店市场研究报告 12页

大学生挑战杯申报书模板 10页

咸阳市住房公积金提取申请表 2页