文档介绍：miRNA命名规范一、miRNA的定义 miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约20~23个核苷酸的非编码RNA,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。 miRNA在物种进化中相当保守,在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性,决定组织和细胞的功能特异性,表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。二、miRNA数据库 miRBase序列数据库是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一,提供公布的miRNA序列及注释信息。目前miRBase()记录了18226个miRNA。三、miRNA名称与编号 1)miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例) ①确定命名规则之前发现的miRNA,则保留原来名字,如hsa-let-7。②miRNA成熟体简写成miR,再根据其物种名称,及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字,如hsa-miR-122; ③高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…),如hsa-miR-34a,hsa-miR-34b,hsa-miR-34c等; ④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA,则在后面机上阿拉伯数字以示区分,如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2; ⑤通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt,很可能两个臂分别产生miRNA。以前的做法是:表达水平较高的miRNA后面不加任何符号,而表达水平较低的miRNA后面加上*号,如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA就根本不出现。而如果没有明显的表达差异,则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p,分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。在以前的命名中,有时也会以“-s”和“-as”来命名,但现在已经取消了这种命名方式。注意:,很多带“*”的miRNA都变成了“-5p”或“-3p”。当然,新名称下面对应有其原来的名称。案例请见:-bin/?acc=MI0000442 2)miRNA编号及名称(以动物miRNA为例) miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列,其中: ①miRNA前体发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名,其编号以“MI”编号,如人的miRNA122的前体ID为hsa-mir-122,Accession为MI0000442。②miRNA成熟体大约20~23nt的miRNA成熟体以“miR”命名,其编号以“MIMAT”编号,如人的miR-122有两个成熟体,其中之一ID为hsa-miR-122-5p,Accession为MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p,Accession为MIMAT0004590。案例请见:-bin/?acc=MI0000442 3)不同物种命名方式差别①动物: miRNA前体:以动物物种缩写+“-”+mir+“-”+命名顺序,如hsa-mir-122; miR