文档介绍：第 12 卷第 2 期生命科学 V o l. N o .2
2000 年 4 月 C h in esB ulletioL ifSciences A pr.,2 0 0 0
文章编号:1004-0374(2000)02-0072-04
运用生物信息学方法快速获取与
肿瘤基因同源的 E ST 及其新基因克隆的策略
田芳陈主初
(湖南医科大学肿瘤研究所长沙 410078)
摘要:如何更多更快地克隆肿瘤基因,探索肿瘤发病机制是研究工作者努力的方向。利用人类基因组
研究的现存数据,从 EST 即cD N A 的部分序列入手,通过同源筛选,直接搜寻新基因不失为一种在“基
因抢夺战”中获胜的捷径。本文通过实例综述了怎样运用生物信息资源进行 EST 筛选及其新基因克隆
的策略。
关键词:生物信息学; EST ;同源性分析; 肿瘤基因; 基因克隆
中图分类号:Q -39Q 789 文献标识码:A
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人类基因组计划的开展在基因序列、定位、表达 EST 分析开始的。 Hardim an 等通过同源分析的
和功能研究等方面都积累了大量的数据,如何充分利方法,克隆、定位了人类 W N T 基因家族的新成员
用这些已有的数据资源,加速人类基因克隆研究,同 W NT 10B[3]。W NT 途径是调节细胞生长和分化的
时避免重复工作,节省开支,已成为一个急迫而富有重要通路,并且与肿瘤发生相关。hM SH 5 基因是从
挑战性的课题摆在我们面前。利用计算机来协助克隆酿酒酵母菌M SH5 基因克隆到的人类同源基因,含
基因,称为“silicocloning ”,是与定位克隆、定位候有从细菌到人均保守的基序(m otifs),氨基酸序列
选克隆策略并列的方法之一。同时,计算机分析也是与酿酒酵母菌M SH 5 存在30% 的一致性[’] 。它与
hM SH 4特异性地相互作用,在减数分裂和精子发生
基因克隆策略中的重要研究手段。越来越多的基因克
过程中发挥一定作用151。
隆建立在生物信息学分析