文档介绍：DNAMAN 使用方法? ?????6. PCR引物设计? 使用方法?DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN Demo version为例,简单介绍其使用方法。打开DNAMAN,可以看到如下界面:?第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有九个常用主菜单,?第二栏为工具栏:?第三栏为浏览器栏:?在浏览器栏下方的工作区左侧,可见Channel工具条,DNAMAN提供20个Channel,点击Channel工具条上相应的数字,即可击活相应的Channel。每个Channel可以装入一个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间,加快分析速度。此版本DNAMAN提供自动载入功能,用户只需激活某个Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel中。?以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。? (1)通过File/Open命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(2)通过Sequence/Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,和要分析的片段等参数。? ?通过Sequence//Display Sequence命令打开对话框,如图所示:?根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:? Sequence & Composition:显示序列和成分? plement Sequence :显示待分析序列的反向互补序列? Reverse Sequence :显示待分析序列的反向序列? Complement Sequence :显示待分析序列的互补序列? Double Stranded Sequence :显示待分析序列的双链序列? RNA Sequence :?将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis命令打开对话框,如下所示:按扭,出现下列对话框:?参数说明如下:? Results 分析结果显示?其中包括:?Show summary:显示概要, Show sites on sequence:在结果中显示酶切位点?Draw restriction map:显示限制性酶切图,Draw restriction pattern:显示限制性酶切模式图?Ignore enzymes with more than:忽略大于某设定值的酶切位点?Ignore enzymes with less than:忽略小于某设定值的酶切位点?Target DNA :目标DNA特性?Circular:环型DNA,dam/dcm methylation:dam/dcm***化?all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel中共有两条DNA时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上DNA时,则只能用一个酶分析。?选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下列对话框:Enzyme :代表enzyme data file,点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项,,如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名。,。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如puc18 multiple cloning sites),然后点击按钮出现下列对话框:?输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。??Cutter 酶切识别序列长度;End 酶切产生的末端,其中包括,Blunt(平头末端),5’Overh