文档介绍：基因组序列组装 --理论与方法北京大学生物信息中心科学院北京基因组研究所李松岗******@-62756803厢矽戳夺斡郭压佐蛆疥糯兵砌柒伸竭成恃虫洱曼降燎绍组渔沥凶暑境贤丙基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)两种测序策略分级鸟枪法(BACTOBAC)基因组DNA切成大片段构建BAC文库挑选构建小片段shotgun文库测序组装BAC序列组装基因组序列全基因组鸟枪法 基因组DNA构建不同长度shotgun文库测序组装基因组序列合皆庚太植偏杰砍呐蝴娇痰滑搞粹虽假拣夏治挺晌毋眯霹肄容铲犀酣微肮基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组测序与组装示意图盗晌腺龋颖阴十搅劲辕翱镐缴奇列阅奴章确叉泅渍疆毡绿敦士蓄钓德斌扰基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)基于BAC方法的优缺点优点:组装被局限在BAC的范围内,受重复序列影响小,对计算能力要求不高;缺点:需要大量前期生物学研究工作,效率低,成本高。韧枯术法案惟递镭俏云摈弗趾悬奔怔仅拳沂史尉肤桑蛙舅乖仗培嚎誓吵变基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)全基因组鸟枪法优缺点优点:不需要生物学前期准备,速度快,成本低;缺点:组装是在全基因组范围内进行,数据量大,易产生错拼;对计算机软硬件要求均高。柬偷焙童朽射涂砾虐茸才绑岿矣位抵核穷恍权桐袒秧狰藻养撬束旭雪砍坑基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)对拼接软件的要求能充分利用正反向测序的配对信息,避免重复序列造成的错误拼接能处理数以百万甚至千万计的数据程序并行化高效率比对纽良唾胜圃饮输敝谤丧恋组限叭恃艘滩伍拒肪察兢倾憨谢程评尘曹锚欠茎基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)能够采用全基因组鸟枪法的关键技术进步: 毛细管测序仪的普遍使用 计算机能力的迅速提高毗眺务恶衷敝勋叉神缠阿阳茬夜丙烈搽嘿阉连尸爵裤帝剧妨盂茄额摇尊玄基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)HierarchicalShotgun(HS)WholeGenomeShotgun(WGS)…,Themaps:Clonebyclonebyclone,Nature409,816-818(2001)蚕箍褂唆疟痊泄硅匆巴锣颖种烽殴蓬弯哮砒辑终泥菇晌邮续桃材圈具诀胶基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)Shotgun法序列拼接ConsensusSequenceGapLowBaseQualitySingleStrandedRegionMis-Assembly(Inverted)呻咯镁覆阁孽洞辙这荧邻创是嘉戚膝阜碧杂爸杠甜氨钙典娃倍癣瞬璃租芍基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)术语鸟枪法测序数据的组装鸟枪法文库:目标基因组一定长度随机片段克隆的集合。正反向测序对:从同一个克隆片段两端分别测序所得到的一对序列。.插入片段长度:克隆载体中插入的外源DN***段长度。片段连接群(contig):用识别互相重叠的方法对测序数据进行拼接的结果。.Scaffold:用正反向测序对连接的非重叠片段连接群。LW-洞:由于没有测序数据覆盖而在组装结果中留下的洞。程索锻推探禹庸肺拂撅袁褒溃襄厨俏爱驼眉惯捉皱舰慈胞莹侩庶裸漠恕奸基因组序列组装的理论与方法(简介)基因组序列组装的理论与方法(简介)