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上传人:h377683120 2020/2/26 文件大小:1.60 MB

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文档介绍

文档介绍:乳腺癌易感基因BRCA1的研究班级:5061专业:药剂学姓名:孙建梅一、实验目的:(1)掌握中文文献全文的检索和获得方法。(2)掌握Pubmed数据库文献的检索和交大图书馆英文数据库全文的获得方法。(3)掌握核酸序列搜索的方法。(4)掌握核酸序列相似性分析的方法。(5)掌握PCR引物设计软件的原理、使用及特点。(6)掌握蛋白质序列搜索的方法。(7)掌握蛋白质序列分析常用软件的使用方法。二、研究背景:乳腺癌易感基因(BRCA1)的突变率与35%~40%的家族性乳腺癌和卵巢癌有关。该基因常以染色体显性方式遗传,并有很高的外显率。外显率在乳腺癌为60%~80%,卵巢癌也可达15%~40%。该基因作为一种抑癌基因,不仅能抑制细胞生长,还参与细胞周期调控、基因转录调节、DNA损伤修复及其凋亡等重要细胞活动,在维持基因稳定性中起重要作用。BRCA1是目前所发现的最重要的乳腺癌易感基因之一,本人选择其为研究对象。三、实验方法、步骤及结果:)中查找中文文献::3在Genbank中查找BRCA1基因及其序列:登陆NCBI主页,网址:http://./,:///,选择核酸序列比对nucleotideBLAST,界面显示如下,输入登录号,NM-,点击“BLAST”。结果如下:与其匹配的核苷酸序列和基因组序列如下:一条核苷酸序列为“Homosapiensbreastcancer1(BRCA1),transcriptvariant1,mRNA”,登录号:。另一条核苷酸序列为“Homosapiensbreastcancer1(BRCA1),transcriptvariant2,mRNA”,登录号:。:结果输出:,设计PCR引物:(1)利用peimer3进行引物设计登陆引物设计软件primer3网址/。输入FASTA格式的核苷酸序列,运算得到:上游引物:5’tctgctctgggtaaa3’下游引物:5’t3’产物:5680bp。引物与模板结合的位点显示如下:-,共1863个氨基酸残基组成。(1)使用protparam在线软件分析蛋白质基本理化性质。结果如下,分子量:,理论等电点:,为近似不稳定蛋白,亲水。(2)跨膜区序列和方向预测:http://.ch./software/,结果如下,分析显示该蛋白没有跨膜区。(3)使用SignalP(http://./)预测信号肽切割位点。神经网络及隐氏马尔可夫模型均认为该蛋白为非分泌性蛋白,无信号肽位点。(4)使用sopma软件预测蛋白质的二级结构:该蛋白二级结构以为a螺旋为主,还包括随意卷曲和β折叠。(5)使用PDBhttp://./pdb/search/