文档介绍：天津大学
硕士学位论文
代谢网络的可视化软件开发
姓名:李子颖
申请学位级别:硕士
专业:化学工程
指导教师:李士雨
20030101
摘要研究主要内容有:二次数据库的设计和创建;毫匙箨鞫界面和功能本文以代谢反应方程式为基磷数攥,磅究设诗了基予攀枫系统适合串,⒖蒲械ノ换蚋鋈搜芯看煌缇泊慌缈墒踊︻萌砑本文设计的可视化软件具有以下功能:数据录入、编辑、数据库的建立与选择;秘状、辐射状展示可视化霹络;全是、髑郝震示可享霓纯甏澎,对可视琵黼形避行编辑、选择戚麓除代滚网络中的特定物质,给出方程式完整信息。并配有放大,照相等辅助观察手段。数据库服务采用,界谢设计和软件编穰采用经实验证明,该软件的各项功能均墨达到了预期髫禄,并具有查谗遴发茯、准确、赛谣清酝、操作麓萃、霞形显示正确、瞬鑫等饶设计;代谢网络可视化方法。关键词:代谢网络,可视化,点..珹
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奎乎两学位论文作者签名:荐吾鬏学位论文俸卷签名:另塞教签字霹絮:枷;年学位论文版权使用授权书独创性声明签字日期:工阯月§。同或撰写过瓣骚究成巢,毫不包含为获缮墨连盘窆或莫戆教育粳稳懿学位或证特授权墨连盘鲎可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检本学像论文苊芡耆私饣ń饿子泄乩汀⑩撒ㄑд畚聂渫Фā本天声明所莹交静学位论文怒本人在罨雾摹指警下逶雩亍豹研究王律窝彀得蕊书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中索,并累籀影窜、缩瘁或稳绉等复弼手段霖存、汇编叛供查阅秘餐黼。同意学校向嗣家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘。导翅签名研究成果,除了文中特别加以标注和致谢之处外,论文中不包含其他人已经发表终了瑟确静谈袈著袭示了嚣意。嗝鼙QЮ畚脑诎久苋清匀潮揪鹜侗莛签字墨期:●姆阥】胃嚣竰口垦
绪论溉。“生会是一俘复杂豹事清”,嘁言谏畎攴椒襟毕馐兜秸庖坏悖会生活,工作,健康问题的处理,以及情绪等。对于生命科学的研究者来说,已经意识裂这一毒傲硪徊阆捍礼蛏﹂蚕锩挂A钐煳薹ㄌ切攀堪聚了一令行使羞秘耪生理功能麴建丈嚣复杂熬麓终镩系,全嚣可视纯溺络中各耱孑艨。在此之翦,这令阉题豹勰决只是书嚣鑫孽歹辩学教糖墨。德是妇象辘够以电子的形式来表达,将更为有效,能处理人类手工所不能完成的大量的信息。抟绞意义上,我、诟髅亟瘫缁恐性└卑敬偬庵挣静褪浅鋈牍せ嫦鵯绽接的。这些图都是根据当时现有的信息由人工一次。陡绘制完成,不能随着认识的改变寒窘动更改,酝以又被琢为静淼可视纯滢。泷蝴:峁随着计算机科学的发展和生物信息爨的爆炸或增长,越界各翻的生物学者们已经将目光转向了由计算机来完成这项庞大的工程。许多因家的研究机构和学者化合钫闻可能生成路径检索海痺.../—痬功能。德阉学者融开发出海痓,甦,//日庋墓ぷ髌教ㄗ庞不尽入意的怒,我国这样一个在生仡研究领城走在世界前列的茵家在这一方面的研究和投入邋远落后于其他~些国家。面对浩如烟海的生化数据,只有基于计算辊酶处理麓够快速湔筵大萤僚患,能够对今天静知识徽一个遴乎完全的整理。这样~项工作在明天必将对生化研究产生极大的推动作用。因此,本课题以天津大学马红武簿士整瑾豹绉孳释蕾代溱爱应方稷为背景,蕊摩、研究台,研究了建立一套小型数据处理的代谢网络图形可视化系统黪穗关技术蠲纛并编裁了完整魏程序代鹚。鼓鼗作为砖建立大螫童纯反应丽络可视化工作平台的前瞻性探索。本课题主要在以下几个方断开展了研究工作:二欢数据疼瓣设诗黪翻建,软薛兹莽舀稻功缒设诗,代落霹络可撬亿方法懿磺究,程序代码的编制,自动可视化与人工绘制阉的比较分析。化反应的参与,因此就产生了搜集和处理这些信息的问题;众多的生化反应构成网和路径可以帮助生化学家们理解各种反应物之间的相互关系,肖助于研究的开的“类代谢路饪网络海痺.../生化路径图海痺..痗—痵做了很多这方面的研究和工作。到目前为止,大裂生物数据库中增加了两予生化反应网络的自动生成。.,。
第一章文献综述根据客户嚣要,在选定数据艨中提取扶秘始反斑携葱遵裂终产物鹃麓有生命蹩一个板其复杂靛体系,其复杂度远运藤死嗨芯康捻旮丛拥募际系统。以下是~些有关肿生物俸系复杂痰鹣事实“●在人类俸内裔大约万亿的缅胞·磐达植谎说南赴掷·大约个基因才髓鳃羁一个多藿蛋囟矮·亿碱基黯缀成潜在的掰有基因缀·在每~级或鼷级之闻存在无限静器张交互关系和梗夏装系的多样性厩足由于研究对象的复杂性,在生物学研究的大多数领域,即便在分子生物学或遗传学领域也有极其大量的数据来描述一个辩学攀实。迄今为止,已褥一万多耱灏鑫爱懿空闼结秘融不黼翡分辨率被溺定。基予序确霰ケ杞㈠依的菘馄浼吐家汛锸贤蚣馈T谡庑┦莼∩吓缮⒄沓隼吹氖菘已达喔觥U庖挥彰卮艘桓錾暄荼:Q蟆E灰涣钇欠胶3裾些数据的规模;有