文档介绍：实****一 基因组数据注释和功能分析陈启昀 陈辰丁文超张增明浙江加州国际纳米技术研究院(ZCNI).,了解蛋白编码基因的功能注释原理介绍多序列联配工具ClustalX分子进化分析软件MEGA4的基本知识,:将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起。对应的相同或相似的符号排列在同一列上。错配与突变相应,空位与插入或缺失对应。序列比对的目的:从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他们的结构、功能以及进化上的联系通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性相似性:可以被数量化,如:序列之间相似部分的百分比同源性:质的判断,(BasicLocalAlignmentSearchTool)NCBI上BLAST服务的网址:.gov/blast/NCBI上BLAST程序的下载:ftp:////blast/executables/release/NCBI的BLAST数据库下载网址:ftp:///.,进行SEG过滤blastnNucleotideNucleotide比较核酸序列与核酸数据库寻找较高分值的匹配,对较远的关系不太适用blastxNucleotideProtein比较核酸序列理论上的六个读码框的所有转换结果和蛋白质数据库用于新的DNA序列和ESTs的分析,可转译搜索序列tblastnProteinNucleotide比较蛋白质序列和核酸序列数据库,动态转换为六个读码框的结果用于寻找数据库中没有标注的编码区,可转译数据库序列tblastxNucleotideNucleotide比较核酸序列和核酸序列数据库,:GC6个读码框翻译5’端到3’端第一位起始:GC第二位起始:GC第三位起始:GC3’端到5’端第一位起始:GCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第二位起始:CGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第三位起始:GGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT..