生物信息学实验报告.doc

文档介绍：生物信息学实验报告姓名:__王思_______学号:___031040103____指导老师:__宋晓峰_南京航空航天大学2013年4月实验一生物信息数据库的检索实验目的:。,理解各数据库注释的含义。,学会文献数据库的基本查询检索方法。实验内容:(1)国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy,EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。核酸序列数据库:genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址:.gov/EBI网址:/EMBL网址:/embl蛋白质序列数据库:SwissProt、ExPASy网址:/Uniprot网址:结构数据库:PDB网址:/(2)数据库内容、结构与注释的浏览分别读取ThespikeproteinofSARS-CoronaVirus在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列,熟悉数据库记录的结构,学会看懂其中的注释。核酸序列:SWISS-PROT蛋白质序列:PDB蛋白质结构序列:其PDB文件见附件SARS-(禽流感H9N2亚型HA基因)在NCBI中的核酸序列、SWISS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列,熟悉数据库记录的结构,学会看懂其中的注释。核酸序列:SWISS-(3)文献信息的查找与管理有效地使用NCBIPubMed提供的各种主要功能,查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。查询InfluenzaAViruses分子进化研究方向的文章。实验要求:以其中的一个信息中心网站为例,列举其中的主要资源(数据库、网上分析、生物计算、数据下载等)。以NCBI为例,其主要数据库:BioProject(formerlyGenomeProject)、ConservedDomainDatabase(CDD)、DatabaseofGenotypesandPhenotypes(dbGaP)、GenBank、InfluenzaVirus、JournalsinNCBIDatabases、MeSHDatabase、NucleotideDatabase、OnlineMendelianInheritanceinAnimals(OMIA)、ProteinClusters、ProteinDatabas、PubMed、ReferenceSequence(RefSeq)、Structure(MolecularModelingDatabase)、ThirdPartyAnnotation(TPA)Database、UniGene、ViralGenomes等网上分析:BLAST、VecScreen、ORFFinder、COGnitor等生物计算:数据下载功能如下:(2)能够解释给定序列或基因组数据的含义。(3)检索文献的技巧和效率。实验二序列多重比对及进化分析实验目的:学****序列比对工具BLAST以及ClustalW等的使用,能够对序列数据进行初步的分析。掌握基于DNA序列和蛋白质序列构建系统进化树的常用方法和常用工具。实验内容:在GeneBank数据库中,检索10条轮状病毒(Homosapiens,Rotavirus)VP7基因的DNA序列,并使用CLUSTALW软件对序列进行多重序列比对;检索结果详见电子稿附件VP7文件夹:-:多重序列比对结果详见电子稿附件:,使用CLUSTALX软件对这十条序列进行多重序列比对;检索结果详见电子稿附件sara文件夹:–:。系统发生树如下:实验要求:提交使用CLUSTALX及PHYLIP软件进行多重序列比对及构建系统发生树的结果;总结多重序列比对及构建系统发生树的关键事项。选择合适的比对算法,构建系统发生树时适当选择独立关系的分支序列。实验三蛋白质结构分析及结构预测实验目的:1、掌握蛋白质序列检索的操作方法;2、熟悉蛋白质基本性质分析;3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测,了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功