文档介绍：ZC
基因组数据注释和功能分析
陈启昀
陈辰
丁文超
张增明
浙江加州国际纳米技术研究院(ZCN)
ZCN
课程内容
实****br/>基因组数据注释和功能分析
基因组学
实****br/>核苷酸序列分析
实****三
芯片的基本数据处理和分析
转录物组学
蛋白质结构与功能分析
系统生物学
实****五
蛋白质组学数据分析
蛋白质组学
实****六
系统生物学软件实
ZCN
课程提纲
1通过序列比对工具 BLAST学****了解
蛋白编码基因的功能注释原理
2介绍多序列联配工具C| ustalX
识,掌握系统发生树绘制的基本方法
ZC
序列比对的进化基础
什么是序列比对:
将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起
对应的相同或相似的符号排列在同一列上
错配与突变相应,空位与插入或缺失对应
序列比对的目的
从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他
们的结构、功能以及进化上的联系
通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性
相似性:可以被数量化,如:序列之间相似部分的百分比
同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断
ZC
BLAST
基本局部比对搜索工具( Basic Local Alignment Search
Tool)
NcB|上 BLAST服务的网址
/
·NcB上 BLAST程序的下载:
ftp: //ftp ncbi nIm. nih. gov/blast/executables/release/
NcB的 BLAST数据库下载网址
ftp: //ftp ncbi. nlm. nih. gov/blast/db/
中,心自日白NM……m
国mMa
四Ag图,P?CA制Am飞
Hl 6 32.)I+exce
ch, or list all mener BLASI dntalaees.
Oryza sfiv
Microns
选择物种
Annioneis raing
Basic BLAST
reyabbsl
uh制
A yours blastp
选择bas程序
aum smerch tand由4 deohde databse using,p和
milas Each mandated nucle
baaa uaine e transl ated nudeotto o
Specialized BLAST
i nams in parcnthoc)
Primer- BLASI
ZCN
Query Sequence
Aminoacidsequence
DNASequence
BLASTP
tBLASTn
BLASTn
BLASTx tBLASTX
Translated
Protein
Nucleotide
Nucleotide
Protein
Nucleotide
Database
Database
Database
Database
Database
程序名搜索序列数据库内容
blastp
Protein
Protein|比较氨基序列与蛋白使用取代矩阵寻找较
质数据库
远的关系,进行SEG
过滤
blastn
ucleotide Nucleotide|比较核酸序列与核酸数|寻找较高分值的匹配
据库
对较远的关系不太适
blastxNucleotideProtein比较核酸序列理论上的用于新的DNA序列和
六个读码框的所有转换EsTs的分析,可转
结果和蛋白质数据库译搜索序列
tblastn
Protein
Nucleotide比较蛋白质序列和核酸|用于寻找数据库中没
序列数据库,动态转换有标注的编码区,可
为六个读码框的结果转译数据库序列
tblastx NucleotideNucleotide比较核酸序列和核酸序转译搜索序列与数据
列数据库,经过两次动库序列
态转换为六个读码框的
结果
ZCN
以Bast为例:
目标序列为 ATG AGT ACC GCT AAA TTA GTT AAA TCA AAA GCG ACC AAT
CTG CTT TAT ACC CGC
6个读码框翻译
5端到3’端
第一位起始
ATG AGT ACC GCT AAA TTA GTT AAA TCA AAA GCG ACC AAT CTG CTT TAT ACC CGC
位起
TGA GTA CCG CTA AAT TAG TTA AAT CA