文档介绍：基因组的
遗传学分析
生科131 朱泽贤
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个体基因组的遗传变异
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个体基因组的遗传变异
类型
简称
大小/bp
发生频率/kb
基因座数量
单核苷酸多态性
SNP
1
1
1000万
插入或缺失
InDel
2-100
10
20万
单序列重复
SSR
3-200
30
10万
拷贝数变异
CNV/CNP
100-1000000
3000
复杂变异
500
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(single nucleotide polymorphisms)
SNPs
概念：指在基因组水平由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传变异中最常见的一种。
人类的SNP一般为二等位基因(Biallelic)。包括一种转换C→A(G→A)和三种颠换C→A(G→T)、C→G(G→C)、T→A(A →T)
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由于SNP是明确的DNA序列单个碱基改变，用于分辨特殊DNA序列的分子生物学方法都可以用来检测SNP。
..G C A T T G A C..
..G G T A A C T G..
..G C A T T G A C..
..G G T A A C T G..
..G C A T T G A C..
..G G T A A C T G..
..G C G T T G A C..
..G G C A A C T G..
..G C G T T G A C..
..G G C A A C T G..
..G C G T T G A C..
..G G C A A C T G..
wt/wt
m/m
wt/m
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SNP检测方法：原理区分
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03
04
ASO，基因芯片，LNA，HRM，液相芯片
基于杂交方法：
化学识别测序，分子信标，循环探针
其他方法：
PCR-SSRP，DGGE，CFLP，
DHPLC，DASH
基于结构，构象：
DNA聚合酶，连接酶，RNaseH
基于酶法
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(Deletion-insertion ploymorphism)
InDel
概念：指的是在人类基因组中，有一个或几个碱基对长度的插入或缺失。
可用DNA芯片技术和ASO技术，在SNP附近检测到75%长度为1或者2个碱基对的DIP。
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寡核苷酸探针特异杂交(ASO)
设计中包含SNP位置的特异的寡核苷酸顺序，通过严格控制杂交和洗脱条件，同时设置对照，进行杂交时将SNP通过ASO杂交区分出来。
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(Copy Number Polymorphism)
CNV
概念：指在人类基因组中广泛存在的，从1000bp到数百万bp范围内的缺失、重复和复杂多位点的变异
CNPs与一些复杂疾病表型有关，但数据不足使得当前CNVs发现技术的发现率远低于CNP
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核型分析
荧光原位杂交（FISH）
二代测序
基因芯片
分辨率
低
低
高
高
检测范围
只能检测大于5-10Mb突变
只能检测已知位点，通量较小
覆盖全基因组
覆盖全基因组
杂合性缺失（LOH）/单亲二倍型（UPD）
不能检测
不能检测
能检测
能检测
针对FFPE样本
FFPE 失败率高
FFPE失败率高
FFPE样本运行测序困难
有专门针对存放时间较长的FFPE样本的芯片产品
优缺点
染色体处理过程对操作者技术要求高，不同人员操作可能会导致完全不同的展带效果
定制进口探针，价格昂贵
成本昂贵
一张芯片，多种数据，快速、准确、高性价比
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