文档介绍：微阵列数据分析工具
2007-5-31
闫微
FTir:BIOINFORMATICS LAB
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求4464
BIOINFORMATICS LAB
Experiment Vs Contro Log Ration
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-
0
580296
--0
1
00
543
2
2
0
-
-
-0
7-
BIOINFORMATICS LAB
Gene identifiers
IGene Symbol Entrez Ge SrissProt EC OHTN Refseq FrRe fSeg ir
discoidin domain receptor DDR1
582P35250
600404ICC2305WM02314
heat shock TODs protein B HSF AB ///I B310///PIT066
1455C246Ws
PAM
7649906710∥
167415/03457MN00456
guanylate
clase activa
2978P43080
60034/P0400W49
7318F41226
11325U3zENU33
protein tyrosine phosphat a PtpN21
7C67P10827
020324825
kine C motif liga CCls
109q16825EC:
tochrome P150, family 2, CIp2El
62P1350
1370!IPCC2G235
EPH receptor B3
1571P0518!EC:.1.**********M0773
estrogen related receptor ESrA
2049P54753EC:
2101F174
601998P04200451
scavenger receptor class B SCAFB1
1548Pl1509/EC:1,
601040PCs46W00505
pother
protein GC46MGC46
1416
NP__015140
L 996g
NP 943103 1m n52871
BIOINFORMATICS LAB
表达下调2倍以上的基因有3810个、8倍以上的基因有197
如何对这些差异表达的的基因的生物学意义进行解释?
BIOINFORMATICS LAB
需要有一组微阵列实验数据的解释工具
1. GOstat
2. Panther
3. MILANO
4. Genomatix
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Prepare input data
Gene identifiers
1. Gene symbols (. icam 3)
2. Gene description (. mitogen-activated protein kinase 1)
3. Entrez gene identifier or GenelD (. LOC5166 or 5166)
4. RefSeq ID (. NM_02044)
BIOINFORMATICS LAB
GOstat
/
·G○数据库是注释和分析基因功能的有效工具微阵列实验
往往会产生大量的基因列表为了获得这类型数据的生物
学意义,我们需要找到这些数据的功能注释或是能代表它
们的GO分组
GOstat程序就是用来分析这个的基因列表,根据GO注释的
功能进行分类
BIOINFORMATICS LAB
FIAT. LUX
GOstat
百mBeb
Find statistically ove7Tepr'esentted GO TenTs writin a groip ofgenes
理, Go o search