文档介绍：chapter 15 biomolecules：Amino acids，peptides，and proteins.
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Amino acids
Amino acids, as their name implies, are difunctional. They contain both a basic amino group and an acidic carboxyl group.
20种氨基酸都是α-氨基酸。其中19种氨基酸含伯***（-NH2），仅侧链基团存在差异。
脯氨酸（Proline）含仲***。
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除甘氨酸（glycine）外，氨基酸是的α碳都是手性中心，存在异构体。在Fischer 投影式中，把羧基写在上方，侧链基团写在下方，氨基在左为L型，在右为D型（表示方法与糖类似）。自然存在的氨基酸通常是L-氨基酸。
H
H2N
COOH
H
C
glycine（甘氨酸）
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氨基酸的分类
根据人体能否合成：
必需氨基酸
非必需氨基酸
根据侧链基团的酸碱性：
酸性氨基酸：侧链基团为酸性
中性氨基酸：侧链基团为中性
碱性氨基酸：侧链基团为碱性
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Isoelectric Points(等电点)
氨基酸发生分子内酸碱反应，主要以偶极离子（dipolar ion）的形式存在，偶极离子又叫做zwitterion，性质（如溶于水，不溶于有机溶剂，属于高熔点的晶体物质）与盐类似。此时溶液的pH被称为氨基酸的等电点（isoelectric point，pI）。
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Isoelectric Points(等电点)
pH
Low pH
(protonated)
High pH
(deprotonated)
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Isoelectric Points (pI ):
Neutral amino acid:pI pH=~
Basic amino acid:pI at higher pH（大于7）
Acidic amino acid:pI at lower pH（小于4）
计算方法：
中性氨基酸，pI=（pKa1 +pKa2）/2
碱性氨基酸，pI=（pKa1 +pKaR）/2
酸性氨基酸，pI=（pKa2 +pKaR）/2
pKa1
→
↓
pKa2
→
pKaR
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氨基酸间的反应
＋
Alanine(Ala or A)丙氨酸
Serine(Ser or S)丝氨酸
↓
Alanylserine(Ala-Ser or A-S)
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氨基酸间的反应
＋
↓
Alanine(Ala or A)
Serine(Ser or S)
Serylalanine(Ser-Ala or S-A)
链中氨基酸数目少于50时，改链被称作肽，更长的链为蛋白质。重复的-N-CH-CO-原子序列构成了蛋白质的骨架，书写时N终端总是在左端，C终端在右边。而且常用简称表示。
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covalent bonding in peptides
amide bond
The voerlap of the nitrogen p orbital with the p orbitals of the carbonyl group impacts a certain amount of double-bond character to the C-N bond and the restricts around it. The amide bond is therefore planar, and the N-H is oriented 180 degrees to the C=O.
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