文档介绍：:年中国·重庆年单位代码论文作者:袁志辉指导教师:周泽扬教授学科专业:微生物学研究方向:微生物分子生物学提交论文日期:学位授予单位:西南大学学号§日目、;。‘
摘要宏基因组学是一利,对直接来自于环境样品中的微生物群体基因组进行研究的新的微生物研究领域。本论文基于宏基因组学研究方法在环境微生物研究中的众多优势,拟应用这一近年新兴的研究方法对家蚕肠道中细菌种群构成进行调查分析,及对水环境微生物中的整合子一基因盒的分布、信息编码情况及其在环境微生物基因组进化中作用作一个初步的研究探讨。一、近年来快速发展的分子生物学研究证实,在多数的生态环境中可培养的微生物只占生态系统中微生物总数量的部分。因此,通过传统的培养方法获得的特定环境中微生物的群落结构信息显然是很不全面的。为了更加全面地了解家蚕肠道内微生物的群落结构及它们的生理功能,我们采用了宏基因组学的方法和传统培养法相结合来进行研究。宏基因组的方法是:绕过培养障碍,用高盐法和桓哐我欢橙诜ㄖ苯犹崛〖也铣Φ牢⑸锏淖蹹春昊蛔镈┰霾⒔⑾妇基因文库,再用分析技术对文库进行筛选,对所获得的序列进行测序,比对分析,构建系统发育树;同时对这些细菌在家蚕肠道内所起的作用进行探讨。两种四碱基限制性内切酶盖蟹治基因文库后,从鲅粜克隆中存在发现有种不同的酶切谱型。其中笥植钜炱仔停琀后有植钜炱仔汀4铀竦玫置盖衅仔椭醒≡癯龃硇钥寺〗胁庑颍⒔蛄刑峤美国国家生物信息中心进行同源性比对。分析显示,条序列中有跤个已知的细菌属具有同源性,分别是节杆菌属似、乳杆菌属⒋蟪Ω司属⒀堪司甇、葡萄球菌属和假单胞菌属A硗条序列与一些未知细菌的基因具有较高的同源性。系统发育树分析表明,睦丛淳赡苡爰也咸迥谟Q镏始澳芰康淖;泄兀籗、、的来源菌可能使家蚕致病:睦丛淳赡苣芄促进家蚕营养的转化与笆铡、、、、凼只与一些未知细菌具有同源性,因此它们的来源菌与宿主家蚕的关系我们也不得而知。另外,采用传统的培养法,我们获得了葡萄球菌属、芽胞杆菌属、乳杆菌属、节轩菌属、埃希氏茁属共鍪个种的细菌,其序列与未培养法获得序列中的蹙哂泻芨叩耐葱浴结台非培养法研究所得到的结果,比较分析了培养法和非培养法在环境微生物生态学研究中的优劣。,两者具有较强的互补性。二、整合子是一个能够通过自身编码的整合酶来获取胞外游离基因或基因片段并使之表达的遗传元件系统。整合子所捕获的ピR换蚝校瞧裎猯阎5淖罴虻サ囊贫元件。,以姆椒ù踊肪澄⑸锏暮昊蜃镈中扩增基因盒,。从采集的水样品中提取到环境微生物宏基因组訦一R锢┰龅搅特异性条带,大小在洹=玃产物与籘载体连接,转入大肠杆菌8惺芴赴校羧⊙粜钥寺。舛ㄆ洳迦肫蔚暮塑账嵝蛄小P畔⒀Х治霰砻鳎
呐酰胺酶、槐湫蜗妇桓鑫磁嘌募俚グ舻腄修复蛋白具有很高的相似性。在蚝行蛄兄校颐窃げ獾揭桓霰嗦隓修复蛋白的基因。椰关键词:宏基因组献右换蚝们共得到霾煌恼嫌枰换蚝校隹赡艿。把推导的氨基酸序列通过比对发现后,发现这些胧菘庵械摹┑鞍字实男蛄杏薪细叩耐葱裕渲个序列设蛋白序列。另外鐾频嫉鞍追直鹩氡湫蜗该绲墓δ艿鞍啄就L羌っ浮/类蛋白、邗0访浮修复蛋白、/共转运体蛋白及放线菌假诺卡氏属茁的/共有较高的相似性。其中..直鹩肜醋杂赼湫蜗妇俎V谢8鼍腂我们重点分析了基因盒。聪蚋饔辛礁鯫。其中ⅲ篺基因盒反向序列的内酰胺酶特有的三个高度保守序列,它们分别是盫、、。对、心类邗0访傅牡;,它不仅仅可以作为细菌抗生素抗性的传播平台,同时它也是一个多样性十分丰富的遗传资源库。另外为变形细菌的假设蛋白;一个为真菌的假设蛋白;一个为同样来自于整合予一基因盒研究的假】的序列全长唬脖嗦个氨基酸。。故我们可虬确定8的进化有关。它还可以作为细菌基因组进化的一个工具。—西南大学硕士学位论文
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