文档介绍：序列比对的目的：
从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以推测他们的结构、功能以及进化上的联系
通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性
相似性：直接的数量关系，如：序列之间相似部分的百分比
同源性：质的判断，两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断
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本地运行BLAST
下载（ftp://+/LATEST/）
安装（安装到C:\）
数据库的格式化（formatdb）
程序运行（blastall）
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双击安装到C盘
产生三个文件夹
bin
data
doc
将数据库文件(db)及目标序列文件(in)保存在Blast/bin文件夹下
bin含可执行程序(将数据库及需要比对操作的数据放入该文件)；
data文件夹含打分矩阵及演示例子的序列数据信息；
doc文件夹含关于各子程序的说明文档。
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本地数据库的构建
查看db文件
由fasta格式的序列组成
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数据库的格式化
formatdb命令用于数据库的格式化：
formatdb [option1] [option2] [option3]…
formatdb常用参数
-i database_name 需要格式化的数据库名称
-p T\F 待格式化数据库的序列类型
（核苷酸选F；蛋白质选T；默认值为T)
例：formatdb -i db -p T
对蛋白质数据库“db”进行格式化
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程序运行
blastall命令用于运行五个blast子程序:
blastall [option1] [option2] [option3]
*可在dos下输入blastall查看各个参数的意义及使用
blastall常用参数
四个必需参数
-p program_name,程序名，根据数据库及搜索文件序列性质进行选择；
-d database_name,数据库名称,比对完成格式化的数据库；
-i input_file,搜索文件名称；
-o output_file,BLAST结果文件名称；
两个常用参数
-e expectation，期待值,，可采用科学计数法来表示，如2e-5；
-m alignment view options:比对显示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例说明
例：blastall -p blastx -d db -i in -o out -e 2e-5 -m 9 (表格显示比对结果)
采用blastx程序，将in中的序列到数据库bd中进行比对，结果以表格形式输入到out文件
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上机实****2:本地运行blastx
进入DOS命令行提示符状态（“运行”cmd）
进入C盘“cd\”
进入包含序列数据的bin目录下“cd Blast\bin”
察看目录下内容“dir”
格式化数据库db“formatdb -i db -p T”
运行blastx
“blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9 ”
察看结果“more out ”或在 windows下双击打开
输入
数据库类型：F/T
Blast程序 序列输入 数据库 结果输出
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9
输入“cd\”-〉回车
回到安装目录C盘
输入“cd blast\bin”-〉回车
到达blast程序下bin文件夹
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