文档介绍：第九章核酸序列的其他分析方法
序列综合分析软件
Bioedit
BioEdit软件是一个性能优良的免费分子生物学应用软件,可在Windows 95/98/NT/2000/XP中运行,它的基本功能是提供蛋白质核酸序列的编辑排列处理和分析。该软件有一个简单亲切的界面,集成很多其他的序列比对分析软件,功能强大,另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单,但却又很强的扩充性,可以自由整合许多软件。
EBI tools
欧洲生物信息学研究所(EBI)提供了许多生物信息学在线分析工具,包括如下几大类:
相似性和同源性分析:如BLAST和FASTA程序
蛋白质功能分析:如InterProScan可查询蛋白质序列中的特殊模块
序列分析:如ClustalW程序
结构分析:如MSDfold和DALI可分析蛋白质的结构并与PDB数据库的信息进行比较
其他商业软件:
DNAStar
即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。
Omiga
大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga ;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif)及开放阅读框(ORF),设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites)、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。
Vector NTI Suite
不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找),对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据)->分析->结果(显示、保存和入库)三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据