文档介绍：第四章酶的结构和功能
酶的活性中心
酶的活性中心和必需基团的概念
在酶蛋白中,只有少数特异的氨基酸残基与催化活性直接相关。这些特异的氨基酸残基可以在肽链的一级结构上相距较远,但通过肽链的折叠、盘旋,使它们在空间上接近,形成活性中心(或称活性部位)。组成活性中心的氨基酸残基有些执行结合底物的任务,有些执行催化反应的任务。我们把组成活性中心的氨基酸残基的侧链基团及一些维持整个酶分子构象所必需的侧链基团称为必需基团。
1960年,Koshland将酶分子中的氨基酸残基或其侧链基团分成4类:接触残基(直接与底物接触,参与结合或催化的残基;右图中的R1、R2、R6、R8、R9、R163、R164、R165),辅助残基(对接触残基的功能起辅助作用的残基,也位于活性中心;右图中的R4),结构残基(维持构象的残基,此为活性中心以外的必需基团;右图中的R10、R162、R169),非贡献残基(或称非必需残基,非必需只是对酶发挥活性而言,它们可能有其他作用,如识别自身物质、运输、防止降解等;右图中的R3、R5、R7)。
酶活性中心的拓扑学
酶的活性中心可以设想为一个口袋或是一条沟槽,形状与底物相近。不同的酶的口袋适合不同的底物。口袋中有相应的结合残基与底物上的某些基团结合,发生反应的底物上的键与催化基团靠近。亲水基团与亲水残基亲合,疏水基团与疏水残基亲合,带电荷的基团与带相反电荷的残基亲合。
例如羧肽酶A催化多肽链上羧基端氨基酸的水解。当末端氨基酸是含有较大疏水基团的氨基酸时(苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸),反应速度很快。但是当有这些较大疏水基团的氨基酸残基进入亚位点3~6时,就会减低酶对这些底物的亲和力。说明羧肽酶A对底物的识别和结合有多个位点。同时,苯丙氨酸是羧肽酶A的竞争性抑制剂。
酶活性中心化学基团的鉴定
常用的方法有化学修饰法、反应动力学法和x-光晶体衍射法。

酶分子中有许多氨基酸残基的侧链基团可以被化学修饰,如羟基、巯基、咪唑基、氨基、羧基等。如果一个基团是必需的,则被修饰后酶活性会大大下降,甚至完全失活。
使用非特异性试剂对特殊基团的标记
非特异性试剂可以修饰特定的某种基团,但不能区分活性中心内部和外部的基团。如果某种基团只存在于活性中心,而其他部位没有,就可以用非特异性试剂修饰。如木瓜蛋白酶(papain)分子中有7个半胱氨酸残基,其中的6个形成3对二硫键,只有一个以自由巯基的形式存在于活性中心(Cys22-63,Cys56-95,Cys153-200,自由Cys25;编号从N端开始往C端进行)。在这种情况下就可以用任何一种硫氢基试剂来修饰,如用碘乙酸修饰。碘乙酸对木瓜蛋白酶的活性中心无任何特殊亲和力,但由于这种特殊情况,仍然得到了巯基的修饰与酶活性的丧失相平行的结果。
另外,通过动力学实验证实,还有一个组氨酸残基的咪唑基位于木瓜蛋白酶活性中心的催化部位(木瓜蛋白酶共有212个氨基酸,有His81和His159两个His)。Husain和Lowe用1,3-二溴丙酮修饰木瓜蛋白酶,,1克当量的试剂完全抑制了木瓜蛋白酶的活性。对修饰后的酶进行氨基酸分析,发现少一个组氨酸。在用1,3-二溴丙酮(2-14C)的修饰实验中,发现修饰剂连接了Cys-25和His-159两个残基,因此知道了这两个基团之间的距离在5
以内。这个结论通过x-光衍射分析法又进一步得到了肯定。
由于酶活性部位微环境的影响,活性中心的基团对某一非特异性试剂的反应性可能会比活性中心以外的基团的反应性高或低。如3-磷酸甘油醛脱氢酶的活性中心的Ser能优先地被14C-碘乙酸标记;牛胰核糖核酸酶活性中心的His能优先地被碘乙酸标记,其Lys-41的ε-NH2可优先地被氟二硝基苯标记。也有些酶活性中心的基团对某种非特异性试剂的反应性很低。
要充分利用高反应性的情况。
差示标记法
这种方法是非特异性试剂标记法的一个发展。它利用竞争性抑制剂或底物预先占据活性中心,使非特异性试剂只修饰活性中心以外的基团,然后透析除去保护剂(即竞争性抑制剂和底物),再用同位素标记的非特异性试剂修饰活性中心的基团。经氨基酸分析可知哪些基团位于活性中心。
胰蛋白酶催化碱性氨基酸的羧基形成的肽键水解。人们认为在胰蛋白酶的活性中心必有酸性基团存在。ψ胰蛋白酶(Lys6-Ile7之间断裂成为β胰蛋白酶;Lys6-Ile7和Lys131-Ser132两处断裂成为α胰蛋白酶;Lys6-Ile7、Lys131-Ser132和Lys176-Asp177三处断裂成为ψ胰蛋白酶)失去了水解碱性氨基酸的羧基形成的肽键的能力,而保留了一般的酯酶活性,估计Asp177的β-
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