文档介绍：摘要随着近代分子生物学实验技术和计算机技术的迅猛发展,以及人类基因组草图(HGD)绘制的顺利完成,标志着现代生命科学研究已经进入了后基因组时代, 研究者把关心的焦点由结构基因组学转向了功能基因组学。基因芯片(gene chiD. microarray)作为一种新型的高通量的检测技术方法,可以同时测量成千上万个基因的表达水平,已成为“后基冈组时代”研究基因与基因问相互作用的一个弼有力的工具。如何剥咳技术产生的晦量实验数据进行准确而合理地管理和分析己成为是否能有效应用该项技术的主要问题,并决定着当前生物信息学的重要研究内容和主要研究方向。虽然目l猗已有许多学术性或商业化的微阵列系统软件应运而生, 但具有全面解决方案的系统却尚属罕见,并时常会出现缺少实用性、可扩展性或标准界面等情况。另外,开发一种整合系统,往往需要一个统一、先进的软件架构来加强其安装和维护。所以,为满足上述需求,本课题在生物科学、微电子学以及计算gL?-,i学等学科相互交叉的基础上,提出了一个名为MDME的微阵列数据分析软件架构,此数据库拥有较完善的研制方案,可根据特定的实验坏境、样本环境为用户提供全面的检索服务。 ,在此基础上提出了数据库存储后端、用户验汪、管理及访问控制模块、数据分析及其可视化模块、数掘标注模块的实现方法。 ,引入了一种新的聚类算法和一个用于分析multi—variable微阵列基因表达数据的通用3一D可视化工具, V 有效地提高了系统f19j}-析效率。 3 丌发并研制了‘个基于关系数据库中persistence层的代码产生器 ODBl,详细阐述了该代码产生器的数据模式结构、各组成模块、通信 m议以及ODB[设i{器的实现过程。 [4t,码产生器的运行状况进行0r估,达到了预期的效果,并提出改进措施。研究结果表明,该课题为用户提供了从数据存储、分析、解析到芡享等一系列全面的服务,有效地避免了微阵列数据分析过程中的某些不连贯情况,从而帮助用户能够更快、更准确地得到相应的生物学信息。另外,系统中的ODBl4℃,使系统可以存一个较高的层次上对关系数据表进行操作, 增强了系统的通用性及可维护性。通过对基于生物信息学的微阵列数据库甲台的研制和丌发,为基1到数掘的存储、分析和结果的交流提山了一种更为』一泛的方法, 从而刈基因芯片数据分析的发展起到丫重要的推动作片J。关键词:微阵列数据库、数据分析、面向列象编程与关系数据序、ODBI{嘲产生器 V —!塑叁!:塑:!:兰竺堡兰 ABSTRACT With therapiddevelopment ofmolecular biological putational technologies, theachievement ofHGD shows thatmodern lifescience research has entered the post’genomic era,researchers focus 011 from structure genome science tofunction genome an innovative measuring technique,the DNA Microarray is capable ofprofiling theexpression levelsofmany genes simultaneously,and is a promising technology fortheresearch ofgent interactionsduring era However,how to exactly and reasonably manage and analyze thelarge ofdatathat resultfrom theMicroarray experiments e amain problem thatholds up the steps of、researchers toefficiently hasbeen influencing the research content and main method several academic as well mercial systems have been arising,howeveg freely available systems which integrate allth