文档介绍：图位克隆原理简要说明
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在拟南芥的众多生态型中最常用的三种是
Landsberg erecta(Ler)
Columbia(Col)
Wassilewskija(Ws)
其中Col生态型用于拟南芥的全基因组测序。
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Marker
SSLPs
CAPs
dCAPs
InDel
SNP
多态性
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SSLP
= simple sequence length polymorphisms
简单序列长度多态性
又称 SSR= simple sequence repeats
比较产物长度
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4
CAPs
= cleaved amplified polymorphic sequences
酶切扩增多态性
利用酶切位点
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5
Marker: MIG5-B
C
L
H
C
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6
dCAPs
= derived CAPS
设计引物引入错配碱基，从而引入酶切位点
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其它标记
InDel
= insertion-deletion 插入缺失标记，指的是两种亲本中在全基因组中的差异，相对另一个亲本而言，其中一个亲本的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。根据基因组中插入缺失位点，设计一些扩增这些插入缺失位点的PCR 引物，这就是InDel标记。 部分SSLP就是由InDel转化而来
密度： 每 存在一个
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SNP
= single nucleotide polymorphism
单核苷酸多态性
主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。(后面两种情况的多态性一般归为InDel）
密度： 每 存在一个
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SSLPs
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