文档介绍：综合序列分析软件BioEdit
2003级 高芳銮
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BioEdit简介
BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器，可在Windows 95/98/NT/2000中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。
与DNAMAN相比，其分析内容相对丰富一些，而且提供了很多网络程序的分析界面和接口，与DNAMAN等软件配合使用更好。
尤其值得一提是利用BioEdit能够十分方面地根据指定的核酸序列绘制相应的质粒图谱。
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序列的常规操作：
序列输入：多种序列输入方式；
序列分类：按标题、位置 、定义、参数、注释等分类；
成对排列：两序列的最佳排列及计算同一性和类似性；
序列屏蔽：仅采用联配中部分区域进行分析而排除其他。
核酸分析：组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶；
蛋白质分析：氨基酸成分、疏水性轮廓 、疏水力矩平均数
翻译或反翻译：把DNA或RNA翻译成蛋白质；
切换翻译：在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列；
点图[成对比较]：相互比较两序列的矩阵，生成一个点图。
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BLAST
本地使用BLAST
创建本地数据库
本地BLAST 搜寻
BLAST INTERNET 客户端程序
ClustalW
使用互联网工具
HTML BLAST 网络浏览器
PSI-BLAST
nnPredict …
进化分析
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主要内容
绘制质粒图
限制性内切酶图
蛋白质分析
组成分析
熵图
疏水性轮廓
联配中搜寻保守区
根据密码子的使用翻译核苷酸
RNA比较分析
共变
潜在配对
互交信息分析
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一、绘制质粒图（Plasmind drawing）
使用BioEdit质粒绘图功能，序列可以通过自动的位置标记，自动修改成环形质粒。特征、多连接位点和限制性位点可以通过使用对话框增加。当将一个序列进入质粒图时，在背景上出现一个限制性内切酶图谱，所以可以通过对话框选择可以增加限制性位点。它们自动增加到当前的位点。质粒功能提供简单的绘制和标记工具。标签和绘图可以通过鼠标移动和缩放。想要编辑目标性质，双击目标。
想要从一个DNA序列产生一个质粒，从“Sequence ”菜单中“Nucleic Acid ”子菜单中选择“Create Plasmid from Sequence ”选项。选择这个选项时，限制性内切酶图谱将会使用通常商业化的，储存在存储器中的限制性内切酶。质粒第一次产生时，它显示成有10个位点标记的圆圈，中央是标题 。
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sites:(限制性位点)
想要增加限制性位点，从“Vector ”菜单中选择“Restriction Sites ”选项。将会显示一下对话框：
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想要显示图谱中的限制性内切酶，从右边(“Don't Show ”中)选择任何想要的酶，用 按钮将它们移动到左边。按下“Apply & Close ”时，这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“U ”。如果没有“U”， 将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置，在“Show ”中增加选择的酶的亮度，按下 按钮将它们移动另一边。
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marks (位置标记):
点击“Vector ”菜单中的“Positional Marks ”选项，可以出现以下对话框：
 
可以通过移动位置标记到“Show” 中，单独增加位置标记，或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记，选择“Divide into: ” 中的下拉菜单顶端的“None”。
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