文档介绍：临床微生物检测的基因同源性分析
      医院感染的流行病学研究是临床微生物学工作者的重要课题，在医院感染监测的研究中，一个很重要的问题就是如何确定感染途径和传播途径，以采取有效预防和控制措施，从而防止医院感染或者暴发流行，因此对微生物鉴定和菌株同源性分析提出了更高的要求。
      目前，传统的细菌鉴定和同源性分析技术已不能很好地满足医院感染诊断和流行病学调查的需要，从型、亚型、株，甚至分子水平上去认识细菌变得愈来愈重要了。近年来分子生物学的理论和技术在细菌感染诊断中的渗透和广泛应用，使得细菌鉴定、耐药基因的检测、分子流行病学调查变得更加准确、简洁和快速。细菌DNA 同源性分析技术如脉冲场凝胶电泳、聚合酶链反应、DNA 探针杂交以及序列分析等方法是目前在分子水平上分析细菌的主要手段，它在鉴定细菌感染的爆发、确定院交叉感染、感染病原菌之间的基因同源性等方面有着重要的作用，本文将对常用基因同源性分析方法的机理和过程做简要综述。
 一、质粒分型(Plasmid profile assay)：
1、原理：
     质粒是可移动的染色体外元件，可以自发丢失或者被宿主稳定地获得，因此流行病学上相关的分离菌株有可能表现出不同的质粒图谱。把质粒提取出来，进行常规的琼脂糖电泳分析，就可以知道分离菌株携带质粒的大小和数目。
2、实验过程：；%琼脂糖电泳；、凝胶成像。
3、实验方法的评价：
   优势：
         ，对实验仪器要求不高。
         （如一个医院中的急性爆发）分离出来的菌株非常有效。
   缺点：
          。
          。
 二、染色体DNA的限制性切核酸酶分析(Restriction Endonuclease Assay REA)
1、原理：
    限制性切核酸酶（REA）在特异的核酸识别序列切割DNA，DNA被消化后，所得到的限制性片段的数目和大小是由酶的识别位点和DNA的组成共同决定的。在传统的限制性切核酸酶分析中，人们用含有相对多的限制性位点的切核酸酶消化细菌的DNA，-50Kb围的DN***段。恒定的电场琼脂糖电泳，可以根据分子质量的大小将这些DN***段分开，然后通过EB染色并在紫外灯下观察其图谱。同一种的不同分离菌株的DNA序列的变异可造成限制性位点数目和分布的变化，所以可以导致其REA图谱出现差异。
2、实验流程：；（主要是Hind III）；%琼脂糖电泳；
染色、凝胶成像。
3、实验方法的评价：
  优势：        。
       。
   缺点：
       ，一些条带可能不能检测到，一些条带可能会重叠。        。
       。
三、染色体DNA的脉冲场凝胶电泳(Pulsed-Field Gel Eelectrophoresis PFGE)
1、原理：
    用识别位点相对多的酶进行REA的一个重要的局限性，是分析那些大量的、重叠的、分辨力较差的限制性酶切片段构成的图谱相当困难。如果用限制性位点相对少的酶消化细菌的基因组，那么就可以得到数量相当少但更大的限制性片段，这样在电泳中，穿过琼脂糖的电场作周期性的改变，就可以产生一个有5-20条清晰的分辨较好的图谱。
2、实验流程：；（主要是XbaI）；(脉冲场；、凝胶成像；。
3、实验方法的评价：
      优势：
          ，
          , 肠杆菌和葡萄球菌基因分型的金标准。
       缺点：
          ，准备合适的DNA样品需要延长培育时间。近来也有报道葡萄球菌和肠球菌可以用相当短的时间来进行PFGE分析。
          。
四、核糖体分型（Ribotyping）
1、原理：
   核糖体操纵子包括编码16SrRNA和25SrRNA以及一种或多种RNA的核苷酸序列。核糖体序列高度保守，针对
大肠杆菌rRNA 制备的探针，或者是克隆的核糖体操纵子，可与许多细菌的染色体核糖体操纵子杂交，细菌的基因
组常有多个核糖体基因，分别存在于不同长度