文档介绍：2006 年第 64 卷化学学报 Vol. 64, 2006 第 1 期, 22 ~26 ACTA CHIMICA SINICA No. 1, 22 ~ 26 * E-mail: duqishi@ Received May 21, 2005; revised July 15, 2005; accepted Septem ber 20, 2005. 国家自然科学基金(No. 20373048) 和天津市科委基础科学基金资助项目. ·研究论文· 分子亲脂- 亲水性的量子化学描述 II. 氨基酸侧链的亲水指标和亲脂指标杜奇石* , a , b 刘朋军 a 孙浩 b 李大鹏 b 谢军民 b ( a 海南师范大学化学系海口 571158 ) ( b 天津师范大学生物信息与药物开发研究所天津 300074) 摘要在启发式亲脂势 HMLP (heuristic molecula r lipophilicity potential) 的基础上提出了分子、分子片段和原子的亲水指标和亲脂指标. 计算出了 20 个天然氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和亲水、亲脂表面积, 并用线性自由能函数表达氨基酸侧链的溶剂化自由能, sol, i G ??= b 0 + b 1 L i + b 2 H i + 3 i bS + + 4 i bS - . 应用线性自由能函数和氨基酸侧链的亲水和亲脂指标, 计算了 20 个氨基酸残基的 3种相转移自由能(蒸气-水、蒸气-正辛醇、正辛醇-水) 和正辛醇-水分配系数 logP ow , 取得了与实验值高度一致的良好效果. HMLP 的亲水和亲脂指标是 HMLP 的指标化, 扩展了这一方法的使用范围. 氨基酸侧链的亲水、亲脂指标和线性自由能函数有望用于生物大分子受体与配体的结合自由能的估算、蛋白质的结构与功能、蛋白-蛋白相互作用和识别的研究. 关键词启发式亲脂势(HMLP); 亲脂指标; 蛋白质; 氨基酸; 生物信息学 Quantum Chemical Description for Molecular Lipophilicity and Hydrophilicity: II. Lipophilic Indices and Hydrophilic Indices of Aminoacid Side Chains DU, Qi-Shi * , a , b LIU, Peng-Jun a SUN, Hao b LI, Da-Peng b XIE, Jun-Min b ( a Department of Chemistry , Hainan Normal University , Haikou 571158 ) ( b Institute of Bioinformatics and Drug Discovery , Tianjin Normal University , Tianjin 300074 ) Abstract Heuristic molecular lipophilicity potential (HMLP) was applied to the study of lipophilicity a