文档介绍：上海师范大学___ 生物信息学___ 实验报告实验序号___ 6 ___ 实验名称____ 蛋白质二级结构的预测____ 专业____ 生物技术____ 年级___ 09 ___ 姓名_ 徐武杰_ 学号__ 090153530 __ 日期__ __ 实验六一,实验内容 1 ,使用软件 anthewin (软件在桌面文件夹“ xiao ”中)用 Garnier 的方法预测蛋白质序列(GYKGVWRVDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMR) 的二级结构( 序列在文件夹“实验 6-data ”中), 分别指出第 2、第5、第 11、第 17、第 19、第 21、第 29 位的氨基酸二级结构类型以及各结构类型的百分比。 2 ,使用软件 anthewin (软件在桌面文件夹“ xiao ”中)用 Gibrat 方法预测蛋白质序列(GYKGVWRVDGIMHTRCHCGAEITGHVKNGTMR) 的二级结构( 序列在文件夹“实验 6-data ”中), 分别指出第 3、第6、第 11、第 21、第 27 位的氨基酸二级结构类型以及各结构类型的百分比。* 有用的参考(1) 二级结构类型:α- 螺旋(H)β- 折叠(E)β- 转角(T) 无规卷曲(C) (2) 蛋白质序列中各符号的意义:A alanine (Ala) P proline (Pro) B aspartate or asparagine Q glutamine (Gln) C cystine (Cys) R arginine (Arg) D aspartic acid (Asp) S serine (Ser) E glutamic acid (Glu) T threonine (Thr) F phenylalanine (Phe) U selenocysteine G glycine (Gly) V valine (Val) H histidine (His) W tryptophan (Trp) I isoleucine (Ile) Y tyrosine (Tyr) K lysine (Lys) Z glutamate or glutamine L leucine (Leu) X any M methionine (Met) * translation stop N asparagine (Asn) - gap of indeterminate length 二,实验报告的内容: 1 ,基本原理(结构预测的有关内容) 二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α+β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据, 用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。还有将多种预测方法结合起来, 获得“一致序列”。总的来说, 二级结构预测仍是未能完全解决的问题,一般对于α螺旋预测精度较好,对β折叠差些,而对除α螺旋和β折叠等之外的无规则二级结构则效果很差。